基于盆腔器官脱垂相关衰老基因的GEO数据库和LASSO回归算法的生物信息学分析 |
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引用本文: | 宁敏琦,何勇,李秉枢,黄国涛,左晓虎,赵芷晗,韩武岳,洪莉.基于盆腔器官脱垂相关衰老基因的GEO数据库和LASSO回归算法的生物信息学分析[J].吉林大学学报(医学版),2024(1):178-187. |
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作者姓名: | 宁敏琦 何勇 李秉枢 黄国涛 左晓虎 赵芷晗 韩武岳 洪莉 |
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作者单位: | 武汉大学人民医院妇产科湖北省盆底疾病临床医学研究中心 |
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基金项目: | 国家自然科学基金项目(81971364);;湖北省科技厅自然科学基金项目(2022CFB124); |
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摘 要: | 目的:通过生物信息学技术筛选与盆腔器官脱垂(POP)密切相关的衰老基因,并阐明关键基因潜在的临床意义和价值。方法:利用基因表达汇编(GEO)数据库以“pelvicorgan prolapse”为关键词检索下载数据集GSE53868和GSE151188获取POP相关基因。从Aging Atlas数据库、CellAge数据库和人类衰老基因组资源(HAGR)数据库获取衰老相关基因,2组基因取交集得到POP相关衰老的差异表达基因(DEGs)。采用R 4.2. 1软件进行基因富集分析(GSEA)。采用注释可视化和集成发现(DAVID)数据库对DEGs进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析,采用Cytoscape 3.9. 1软件构建蛋白-蛋白互作(PPI)网络,用cytoHubba插件筛选排名前10位的核心基因(Hub基因)。采用R软件CIBERSORT反卷积法分析22种免疫细胞在POP组和对照组患者中的浸润情况。采用LASSO回归算法进一步筛选关键基因,分析关键基因与免疫细胞浸润的相关性和诊断效能。结果:通过Aging Atlas、CellAg...
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关 键 词: | 盆腔器官脱垂 生物信息学 差异基因 富集分析 |
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