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基于加权基因共表达网络分析方法筛选并鉴定结直肠癌的驱动基因
作者姓名:张和平  王敬敏  任萍
作者单位:1. 焦作市人民医院肛肠科;2. 焦作市人民医院不孕不育门诊;3. 焦作市人民医院耳鼻喉科
摘    要:目的 基于加权基因共表达网络分析(WGCNA)方法筛选并鉴定结直肠癌(CRC)的驱动基因,探讨核心驱动基因在CRC发生发展、诊断和治疗中的作用。方法 通过NCBI基因表达综合数据库(GEO)收集CRC相关的数据,数据集为GSE21510,芯片平台为GPL570;使用GEO2R工具对差异基因进行分析,根据P值和基因表达fold-change对差异基因进行排序,选择前2 000个样本进行进一步分析。使用WGCNA算法进行模块构建,分析模块与临床特征的相关性,鉴定出与临床表型高度相关的模块,提取与临床性状相关性最高的模块内基因,将基因导入Cytoscape,分析核心基因,选择核心基因CYTH1进一步研究。基于Oncomine数据库分析CYTH1在结直肠癌组织与对照结直肠组织中的差异表达。取对数生长期LOVO、SW620、HCT116、SW480、RKO、CaCo2和NCM460细胞,应用实时荧光定量-聚合酶链式反应(RT-qPCR)法检测CYTH1在各种细胞中的表达;取对数生长期HCT116和SW480细胞,转染CYTH1基因干扰片段,采用细胞计数试剂盒-8法检测细胞增殖情况,Transwe...

关 键 词:加权基因共表达网络分析  结直肠癌  驱动基因  CYTH1基因
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