| 葫芦科植物通用DNA条形码的筛选 |
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| 引用本文： | 李妮,陈士林,刘义梅,陈科力.葫芦科植物通用DNA条形码的筛选[J].中草药,2011,42(7):1396-1401. |
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| 作者姓名： | 李妮 陈士林 刘义梅 陈科力 |
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| 作者单位： | 1. 湖北中医药大学中药资源和中药复方省部共建教育部重点实验室,湖北武汉,430065
2. 中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所,北京,100193 |
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| 基金项目： | 国际科技合作项目(2007DFA30990); 卫生行业科研专项资助项目(200802043) |
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| 摘 要： | 目的 评价几个热点DNA条形码候选序列对葫芦科植物的鉴别能力.方法 使用ITS2、rbcL、matK和psbA-trnH序列的通用引物对葫芦科植物进行PCR扩增和测序,通过比较各序列的扩增和测序成功率、种内和种间的变异、barcoding gap,并采取相似性探索BLAST1和最近距离Nearest Distance方法评价不同序列的鉴别能力.结果 ITS2序列对葫芦科33个属、90个物种、182个样本进行分析,其鉴定成功率较高,在属水平为100.0%,在物种水平为88.5%;psbA-trnH序列对201个样本进行分析,其鉴定成功率在属水平为93.0%,在物种水平为73.1%,但其可以补充部分ITS2不能分析的物种区域.结论 ITS2和psbA-trnH是适合葫芦科植物鉴别的一个较好的DNA条形码序列组合.
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| 关 键 词： | DNA条形码 葫芦科 psbA-trnH matK rbcL ITS2 |
| 收稿时间： | 1/8/2011 12:00:00 AM |
Screening of universal DNA barcodes for plants in Cucurbitaceae |
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| LI Ni,CHEN Shi-lin,LIU Yi-mei and CHEN Ke-li.Screening of universal DNA barcodes for plants in Cucurbitaceae[J].Chinese Traditional and Herbal Drugs,2011,42(7):1396-1401. |
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| Authors: | LI Ni CHEN Shi-lin LIU Yi-mei and CHEN Ke-li |
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| Abstract: | Objective To evaluate the candidate sequence of several hotspot DNA barcodes for identification ability on the species in Cucurbitaceae family.Methods Using universal primers,three chloroplast sequences,psbA-trnH,rbcL,matK,and a nuclear ribosomal DNA ITS2 were amplified and sequenced.PCR amplification and sequencing efficiency,intra-and inter-specific variation,barcoding gap,and identification efficiency(with BLAST 1 and Nearest Distance methods) were used to evaluate these loci.Results The rate of successf... |
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| Keywords: | DNA barcodes Cucurbitaceae psbA-trnH matK rbcL ITS2 |
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