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基于TCGA数据库构建胃癌免疫相关基因的预后风险模型
作者姓名:卜旻淳曹先东周波冯时
作者单位:1.安徽医科大学第一附属医院普外科230022;
基金项目:国家自然科学基金资助项目(81801952)。
摘    要:
目的 基于癌症基因组图谱(TCGA)数据库,通过分析差异表达的免疫相关基因构建胃癌患者的预后风险模型。方法 从TCGA数据库下载胃癌及癌旁组织的RNA测序数据和配对的患者临床资料,从Imm Port数据库中下载免疫相关基因的数据。通过比较肿瘤组织和癌旁组织,筛选出差异表达的免疫相关基因,采用Cox风险比例回归模型构建差异表达免疫相关基因的预后风险模型,通过Kaplan-Meier生存曲线和受试者工作特征(ROC)曲线下面积(AUC)评价模型的预测性能,再对模型风险评分进行独立预后分析。结果 从TCGA数据库下载了包括375例胃癌组织和32例癌旁组织的RNA测序数据,共筛选出349个差异表达的免疫相关基因,通过多因素Cox回归分析得到9个(IL1A、APOH、CGB5、GRP、TNFSF18、LGR6、MC1R、NPR1、CTLA4)与胃癌预后相关的免疫相关基因,并以此构建预后风险模型。根据模型风险评分的中位值将所有样本分为高、低风险两组,Kaplan-Meier生存分析结果显示,低风险组的总生存率高于高风险组,差异有统计学意义(P<0.001)。ROC曲线下面积为0.719,独立...

关 键 词:胃癌  免疫相关基因  癌症基因组图谱数据库  风险模型  预后
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