五月艾Artemisia indica叶绿体基因组结构及系统发育分析北大核心CSCD |
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引用本文: | 兰朝辉,田徐芳,师玉华,高冉冉,尹青岗,向丽,邬兰.五月艾Artemisia indica叶绿体基因组结构及系统发育分析北大核心CSCD[J].中国中药杂志,2022(22):6058-6065. |
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作者姓名: | 兰朝辉 田徐芳 师玉华 高冉冉 尹青岗 向丽 邬兰 |
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作者单位: | 1.中国中医科学院中药研究所青蒿素中心100700;2.湖北中医药大学药学院430056; |
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基金项目: | 国家自然科学基金青年基金项目(81903758);国家重点研发计划项目(2019YFC1711100);中国中医科学院优秀青年科技人才(创新类)培养专项(ZZ13-YQ-106)。 |
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摘 要: | 五月艾Artemisia indica是菊科蒿属重要的药用植物,但目前对于五月艾分子遗传信息了解很少。该研究通过高通量测序技术对五月艾叶绿体基因组进行测序、组装和注释,并对其序列特征、重复序列、密码子偏好性和系统发育进行分析。结果表明,五月艾叶绿体基因组全长151 161 bp,为典型的环状四段式结构,包括2个反向重复区(IRs),1个大单拷贝区(LSC)和1个小单拷贝区(SSC),GC量为37.47%;共注释到132个基因,去重复之后为114个,包括80个蛋白编码基因,30个tRNA基因和4个rRNA基因。从叶绿体基因组中共检测到50个长重复序列和191个SSR,其中SSR类型主要以单核苷酸为主。密码子偏好性分析显示,亮氨酸是五月艾叶绿体基因组中使用次数最高的氨基酸(10.77%),同义密码子相对使用频次(RSCU,relative synonymous codon usage)>1的密码子有30种且均以A/U结尾。基于菊科19个物种叶绿体基因组构建的系统发育树显示,五月艾与艾叶的亲缘关系最近,蒿属物种聚为单独的进化分支。该研究结果将为蒿属药用植物遗传多样性和资源保护提供理论依据。
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关 键 词: | 五月艾 叶绿体基因组 SSR 密码子偏好性 系统发育分析 |
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