| GEO-基因表达综合数据库的应用与数据挖掘 |
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| 引用本文： | 阴常欣,马文丽,郑文岭. GEO-基因表达综合数据库的应用与数据挖掘[J]. 医学分子生物学杂志, 2009, 6(2). DOI: 10.3870/j.issn.1672-8009.2009.02.015 |
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| 作者姓名： | 阴常欣 马文丽 郑文岭 |
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| 作者单位： | 南方医科大学基因工程研究所,广州市,510515;南方医科大学基因工程研究所,广州市,510515;华南基因组研究中心,广州市,510800 |
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| 基金项目： | 广东省重点实验室建设基金 |
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| 摘 要： | 高通量微阵列杂交技术和测序技术的快速发展,产生了大量的基因数据,生物信息迅速膨胀成为数据的海洋.为适应这种高通量基因表达数据的不断增长和人们共享数据的需要,各种数据库应用而生,其中,NCBI (national center for biotechnology information)的基因表达综合数据库(gene expression omnibus,GEO)是世界上最大的储存高通量分子丰度数据的公共数据库,用户可以提交、储存和检索多种形式的数据并免费使用.迄今为止,GEO已收录了300000个样本的数据,涉及16亿个基因表达丰度数据,涵盖500多种生物体,广泛覆盖各种生物学内容.GEO数据库操作简单,数据全面,免费共享的优势为后期数据挖掘和信息推广提供了良好的平台.文章概述了GEO数据库的结构、数据的提交、检索和其在分子生物学领域中的应用前景.登陆GEO数据库的网址为:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo.
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| 关 键 词： | 基因表达综合数据库 基因表达 数据挖掘 |
Data Mining Applications using Gene Expression Omnibus (GEO) |
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| YIN Changxin,MA Wenli,ZHENG Wenling. Data Mining Applications using Gene Expression Omnibus (GEO)[J]. Journal of Medical Molecular Biology, 2009, 6(2). DOI: 10.3870/j.issn.1672-8009.2009.02.015 |
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| Authors: | YIN Changxin MA Wenli ZHENG Wenling |
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