SARS患者咽拭标本中新分离呼肠病毒部分基因组序列分析

目的 研究SARS患者中多病原感染状况，测定并分析新分离呼肠病毒基因组序列，从病毒的分子生物学角度研究其分类学位置。方法 SARS患者咽拭子标本经处理后接种Hep-2细胞，提取分离到的病毒RNA，以随机引物逆转录PCR扩增，PCR产物经克隆、测序，将其核苷酸序列及推断的氨基酸序列与GenBank（数据库中基因进行比较分析并建立系统进化树。结果 从4份SARS患者咽拭子标本中分离到3株呼肠病毒，部分基因片段测序结果显示为同一病毒，其病毒基因与呼肠病毒1、2、3型有较高的同源性，尤其是与呼肠病毒1、3型，相应片段的核苷酸序列同源性达82％～92％，推断相应氨基酸序列同源性高达94％～99％，而与其他病毒不存在有意义的同源性；系统进化树分析显示新分离呼肠病毒属于呼肠病毒科呼肠病毒属，且可能为哺乳动物呼肠病毒中的新血清型。结论 SARS患者咽拭子标本中存在呼肠病毒，新分离呼肠病毒核苷酸和氨基酸序列与呼肠病毒1、3型同源性最高，由于尚未得到决定病毒血清型的S1片段基因序列，故该病毒的确切分型有待进一步确定，与SARS患者病情的关系有待进一步研究。

Sequence analysis of a newly isolated reovirus from patients with SARS