上海市南汇区鼠类分子鉴定及进化分析

目的鉴定上海市南汇区的鼠类,并探讨大鼠属和小鼠属部分种类的进化关系。方法使用鼠笼法和夹夜法,于2014年5月—2015年4月在上海市南汇区捕获鼠类,扩增鼠类的细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)、16S r RNA序列片段,确定鼠种,并运用邻接法(Neighbor-Joining,NJ)和贝叶斯法(Bayesian Inference,BI)构建发育树。结果经比对,上海市南汇区的38只鼠类分别为褐家鼠(Rattus norvegicus)30只和小家鼠(Mus musculus)8只,共2种。序列组成分析显示,COⅠ和16S r RNA片段变异率分别为34.5%和27.7%;两者的碱基转换均大于颠换。遗传距离分析显示,COⅠ基因中种内遗传距离和种间遗传距离有重叠区域,同理,16S r RNA的种间遗传距离和属间遗传距离也出现重叠区域。发育树显示,褐家鼠与大足鼠亲缘关系最近,黄胸鼠与黑家鼠亲缘关系最近。结论 COⅠ和16S r RNA基因均可鉴定大部分鼠种,仅有少数鼠种不能被区别开。另外,遗传距离结合进化树拓扑结构能更好地鉴别不同鼠种。