基于TCGA数据库的胆囊癌关键基因及预后基因的挖掘与分析 |
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引用本文: | 徐涛,朱泽民,唐才喜,赵志坚.基于TCGA数据库的胆囊癌关键基因及预后基因的挖掘与分析[J].肿瘤药学,2023,13(2):187-193. |
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作者姓名: | 徐涛 朱泽民 唐才喜 赵志坚 |
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作者单位: | 中南大学湘雅医学院附属株洲医院 肝胆胰脾外科,湖南 株洲,412007 |
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基金项目: | 湖南省科技计划项目经费资助(2016SK4006);株洲市科技局计划项目(20215506)。 |
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摘 要: | 目的 通过TCGA数据库深入挖掘胆囊癌发生的关键基因,寻找胆囊癌的预后基因。方法 从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载胆囊癌及癌旁正常组织转录组数据,采用R软件中的edgeR包对数据进行差异表达分析,将获取的差异表达基因进行GO和KEGG富集分析,并通过STRING在线生物信息学工具构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,通过Cytoscape软件进行关键基因筛选,利用R软件中的survival包对关键基因进行生存预后分析。结果 共获取胆囊癌差异表达基因1 766个,其中上调基因1 172个,下调基因594个。差异基因主要富集于环氧酶P450途径、细胞器膜、四烯酸环氧酶活性和代谢途径。构建PPI网络,获取10个关键基因,分别是BUB1、BUB1B、CDK1、UBE2C、KIF2C、AURKB、CDC20、KIF23、CCNB2和KIF20A。生存分析显示,KIF23与胆囊癌的预后显著相关。结论 基于TCGA数据库挖掘出10个胆囊癌关键基因,有助于深入了解胆囊癌的发生发展过程,KIF23有可能成为胆囊癌潜在的治疗靶点及预后标志物。
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关 键 词: | TCGA数据库 胆囊癌 生物信息学分析 关键基因 预后 |
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