| 骨关节炎关键基因与治疗药物的生物信息学筛选 |
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| 引用本文： | 丁晓,史晨辉,孟德峰,王海英,韩飞,蒲沛东,王梦雨,王维山.骨关节炎关键基因与治疗药物的生物信息学筛选[J].中国实验方剂学杂志,2019,25(9):189-196. |
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| 作者姓名： | 丁晓 史晨辉 孟德峰 王海英 韩飞 蒲沛东 王梦雨 王维山 |
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| 作者单位： | 石河子大学 医学院 第一附属医院 骨科中心, 新疆 石河子 832000,石河子大学 医学院 第一附属医院 骨科中心, 新疆 石河子 832000,石河子大学 医学院 第一附属医院 骨科中心, 新疆 石河子 832000,石河子大学 医学院 第一附属医院 骨科中心, 新疆 石河子 832000,石河子大学 医学院 第一附属医院 骨科中心, 新疆 石河子 832000,石河子大学 医学院 第一附属医院 骨科中心, 新疆 石河子 832000,石河子大学 医学院 第一附属医院 骨科中心, 新疆 石河子 832000,石河子大学 医学院 第一附属医院 骨科中心, 新疆 石河子 832000 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目（81660374，81760404） |
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| 摘 要： | 目的:利用生物信息学方法探寻骨关节炎(OA)关键基因及潜在治疗药物。方法:利用基因表达大棚车(GEO)下载GSE55235芯片数据,R语言3.5.0筛选差异表达基因,David在线数据库对差异表达基因进行基因本体(GO)富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路分析,String 10.5在线数据库构建分析蛋白质之间的相互作用,Cytoscape v3.6.1软件进行可视化编辑,MCODE插件进行子网络模块分析,筛选出OA发生过程中的核心基因。最后根据关联性图谱(CMap)分析具有潜在治疗OA的小分子药物。结果:筛选出556个差异基因,其中上调252个,下调304个,这些差异基因主要参与细胞外基质组织、炎症反应、细胞黏附、免疫应答以及胶原结合等方面;KEGG通路分析发现差异基因主要参与细胞外基质受体相互作用,磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt)信号通路及破骨细胞分化;蛋白质相互作用发现白细胞介素-6(IL-6),JUN,血管内皮生长因子α(VEGFA),FOS,MYC和早期生长反应蛋白-1(EGR-1),转录激活因子-3(ATF-3)等关键基因;筛选出了一些潜在治疗OA的小分子药物,如石蒜碱和茴香霉素等。结论:所筛选的关键基因可能成为诊断OA的标志物或潜在治疗OA的靶点;筛选出来的小分子药物可作为治疗OA的关键药物进行研发。
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| 关 键 词： | 骨关节炎 生物信息学 基因芯片 关联性图谱 石蒜碱 茴香霉素 差异表达 |
| 收稿时间： | 2018/9/13 0:00:00 |
Bioinformatics Screening of Key Genes and Candidate Therapeutic Drugs of Osteoarthritis |
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| DING Xiao,SHI Chen-hui,MENG De-feng,WANG Hai-ying,HAN Fei,PU Pei-dong,WANG Meng-yu and WANG Wei-shan.Bioinformatics Screening of Key Genes and Candidate Therapeutic Drugs of Osteoarthritis[J].China Journal of Experimental Traditional Medical Formulae,2019,25(9):189-196. |
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| Authors: | DING Xiao SHI Chen-hui MENG De-feng WANG Hai-ying HAN Fei PU Pei-dong WANG Meng-yu and WANG Wei-shan |
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| Institution: | Department of Orthopaedic Center, The First Affiliated Hospital of Medical College, Shihezi University, Shihezi 832000, China,Department of Orthopaedic Center, The First Affiliated Hospital of Medical College, Shihezi University, Shihezi 832000, China,Department of Orthopaedic Center, The First Affiliated Hospital of Medical College, Shihezi University, Shihezi 832000, China,Department of Orthopaedic Center, The First Affiliated Hospital of Medical College, Shihezi University, Shihezi 832000, China,Department of Orthopaedic Center, The First Affiliated Hospital of Medical College, Shihezi University, Shihezi 832000, China,Department of Orthopaedic Center, The First Affiliated Hospital of Medical College, Shihezi University, Shihezi 832000, China,Department of Orthopaedic Center, The First Affiliated Hospital of Medical College, Shihezi University, Shihezi 832000, China and Department of Orthopaedic Center, The First Affiliated Hospital of Medical College, Shihezi University, Shihezi 832000, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | osteoarthritis bioinformatics gene chips connectivity map lycorine anisomycin differential expression |
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