| 基于巴戟天转录组数据的R2R3-MYB转录因子的鉴定和分析 |
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| 引用本文： | 谢德金,叶友杰,杨德明,杨柯,周成城,陈凌艳,荣俊冬,郑郁善. 基于巴戟天转录组数据的R2R3-MYB转录因子的鉴定和分析[J]. 药学学报, 2020, 0(1): 160-167 |
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| 作者姓名： | 谢德金 叶友杰 杨德明 杨柯 周成城 陈凌艳 荣俊冬 郑郁善 |
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| 作者单位： | 福建农林大学林学院;福建农林大学园林学院 |
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| 基金项目： | 福建省科技重大专项资助(2004YZ02-05);福建省科技创新平台资助(2008Y2001) |
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| 摘 要： | 为了挖掘参与巴戟天生长发育及次生代谢产物合成的MYB转录因子,本研究基于巴戟天根茎叶的转录组数据,筛选并鉴定巴戟天的R2R3-MYB转录因子,为以后通过遗传改良的手段调控巴戟天的代谢机制提供理论基础。根据巴戟天根茎叶的转录组数据,利用PFAM和plantTFDB等5个数据库,对预测的巴戟天R2R3-MYB转录因子进行鉴定, GO功能注释和分类、保守结构域分析、进化树比对分析和组织特异性表达差异分析。基于巴戟天的转录组数据共鉴定109个MYB转录因子,其中R2R3-MYB的数量为51个。亚细胞定位结果显示多数序列定位于细胞核,少部分位于细胞外基质。与分子功能、生物过程和细胞组分相关的GO terms的数量分别为112、76和239个。51个巴戟天R2R3-MYB转录因子中的R2-MYB和R3-MYB的保守基序分别为:-W-(X19)-W-(X19)-W-,-F-(X18)-W-(X18)-W-。通过与拟南芥R2R3-MYB转录因子的序列比对分析可知,除了S10、S19和S21亚家族没有分布,其他亚家族...
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| 关 键 词： | 巴戟天 MYB 转录组 功能注释 苯丙烷代谢 |
Identification and analysis of the R2R3-MYB transcription factor based on a transcriptome database in Morinda officinalis |
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| XIE De-jin,YE You-jie,YANG De-ming,YANG Ke,ZHOU Cheng-cheng,CHEN Ling-yan,RONG Jun-dong,ZHENG Yu-shan. Identification and analysis of the R2R3-MYB transcription factor based on a transcriptome database in Morinda officinalis[J]. Acta pharmaceutica Sinica, 2020, 0(1): 160-167 |
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| Authors: | XIE De-jin YE You-jie YANG De-ming YANG Ke ZHOU Cheng-cheng CHEN Ling-yan RONG Jun-dong ZHENG Yu-shan |
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| Affiliation: | (.College of forestry,Fujian Agriculture and Forestry University,Fuzhou 350002,China;College of Landscape,Fujian Agriculture and Forestry University,Fuzhou 350002,China) |
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