结直肠癌RNA结合蛋白相关长链非编码RNA预后模型的构建与应用

目的 构建RNA结合蛋白(RBP)相关长链非编码RNA（IncRNA）预后模型，为临床预测结直肠癌（CRC）患者的生存提供指导。方法 分析TCGA数据库中的398例结直肠癌组织标本及39例正常对照样本的数据，从EBICA网站（https://ebiac.uk/GOA/）获取RBP相关基因列表。应用R软件分析RBP相关基因的差异表达基因,GO富集分析对RBP相关基因的差异表达基因进行功能注释，采用相关性分析筛选与RBP基因相关的IncRNA。采用R软件caret程序包将筛选后的355例CRC样本按50%与50%的比例随机分为训练集及验证集。单因素Cox回归分析筛选与预后相关的RBP相关IncRNA，LASSO Cox回归分析方法用于确定最佳预后RBP相关IncRNA并构建预后模型。使用多因素Cox回归系数计算风险评分，分析低风险组和高风险组风险评分与CRC患者临床特征及总体生存时间的关系，并使用验证集进行验证。结合独立预后因素构建诺模图预测结直肠癌患者1、2、3年生存率，建议标准曲线进行验证。结果 RBP相关基因差异表达基因中，327个基因表达上调，166个基因表达下调。994个IncRNA被鉴定为RBP相关IncRNA（R2＞0.4,P＜0.001）,其中29个IncRNA具有预后价值。3个RBP相关IncRNA(LINC02474,NKILA,ZEN1-AS1)与CRC患者的总体生存率显著相关，用于构建预后模型。高风险组和低风险组结直肠癌患者总体生存率存在明显差异（P＜0.05），并且包含年龄、性别、分级、TNM分期和风险高低的诺模图可有效预测CRC患者的长期生存率。结论 LINC02474、NKILA、ZEN1-AS1这3个RBP相关IncRNA预后模型对CRC具有预后判断价值，在CRC的发病机制中可能发挥着重要作用。

Construction and application of prognostic models for colorectal cancer based on RNA-binding proteins-related long non-coding RNAs