应用RNA-seq技术检测肺癌与癌旁组织差异表达基因分析 |
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引用本文: | 杨泽平,曾红,杨洋,安输,郭晓汐,郝倩,徐天瑞,彭俊,刘莹.应用RNA-seq技术检测肺癌与癌旁组织差异表达基因分析[J].临床与实验病理学杂志,2019,35(7):852-855. |
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作者姓名: | 杨泽平 曾红 杨洋 安输 郭晓汐 郝倩 徐天瑞 彭俊 刘莹 |
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作者单位: | 昆明理工大学生命科学与技术学院信号传导实验室,昆明 650200;云南省第一人民医院胸外科,昆明 650032 |
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基金项目: | 国家自然科学基金;国家自然科学基金;国家自然科学基金 |
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摘 要: | 目的应用RNA-Seq技术分析肺癌与癌旁组织的差异基因表达,寻找与肺癌发病相关的基因,探讨肺癌的发病机制。方法对5例ⅡA期肺癌及癌旁组织进行转录组测序,获得差异表达基因集,采用qRT-PCR法检测10例肺癌(对照组)及癌旁组织中的6个关键基因(TFPI2、DKK1、CX3CL1、PSCA、DUOXA2、VSIG1)进行验证。结果ⅡA期肺癌与癌旁组织共有123个差异表达基因,其中上调基因35个(28.5%),下调基因88个(71.5%)。qRT-PCR结果表明,与细胞增殖、凋亡和黏附相关基因TFPI2、DKK1、CX3CL1表达上调,PSCA、DUOXA2、VSIG1表达下调,该检测与RNA-Seq检测结果一致。结论ⅡA期肺癌与癌旁组织中共有123个差异表达基因,细胞增殖、凋亡、黏附和代谢相关基因参与肺癌的发生、发展,为肺癌的发病机制提供参考。
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关 键 词: | 肺肿瘤 转录组测序 差异表达基因 细胞增殖 细胞黏附 |
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