| 蛭类转录组中EST-SSR分析及抗凝血相关分子标记的挖掘 |
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| 引用本文： | 王斌,孙静,刘凌云,乔永锋,程霞,仝向荣,王德斌. 蛭类转录组中EST-SSR分析及抗凝血相关分子标记的挖掘[J]. 中草药, 2017, 48(1): 172-178 |
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| 作者姓名： | 王斌 孙静 刘凌云 乔永锋 程霞 仝向荣 王德斌 |
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| 作者单位： | 昆明学院 云南省高校特色生物资源开发与利用重点实验室, 云南 昆明 650224;北京协和医学院 中国医学科学院医学生物学研究所, 云南 昆明 650118;昆明学院 云南省高校特色生物资源开发与利用重点实验室, 云南 昆明 650224;昆明学院 化学科学与技术系, 云南 昆明 650224;昆明学院 云南省高校特色生物资源开发与利用重点实验室, 云南 昆明 650224;昆明学院 云南省高校特色生物资源开发与利用重点实验室, 云南 昆明 650224;昆明学院 云南省高校特色生物资源开发与利用重点实验室, 云南 昆明 650224 |
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| 摘 要： | 目的对蛭类转录组进行SSR分析,是开发功能分子标记、开展对药用蛭类资源的开发利用及进行遗传背景监测的必要手段。方法利用与医学密切相关的医蛭科棒纹牛蛭Poecilobdella javanica和日本医蛭Hirudo nipponia、黄蛭科宽体金线蛭Whitmania pigra和山蛭科洞穴山蛭Heamadipsa cavatuses sp.nov.共14个样本,通过RNA测序及转录组分析,筛选吸血差异unigene,并比较4个种的SSR标记特征和分布,用于挖掘抗凝血相关功能EST-SSR。结果通过SSR密度分析发现,SSR在棒纹牛蛭、日本医蛭、宽体金线蛭和洞穴山蛭转录组中的间隔长度为4 723、6 026、8 059、8 144 bp;SSR组成分析发现三碱基重复的基序占蛭类SSR类型组成中绝大多数;另外,洞穴山蛭的SSR组成与其他3种存在明显区别。比较4种吸血蛭吸血前后转录组中表达丰度显著差异的unigene群,发现4种蛭中包含SSR且抗凝血相关的重叠unigene类群在转录组中呈较高的片段多态性。结论 unigene片段长度、SSR的密度、组成和分布特点能反映物种之间的分类关系;4种蛭重叠的抗凝血相关分子功能对应的EST-SSR,可作为抗凝血相关的功能分子标记侯选EST-SSR。
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| 关 键 词： | EST-SSR 抗凝血相关基因 EST-SSR分布 功能分子标记 药用蛭类 |
| 收稿时间： | 2016-07-19 |
Analysis on EST-SSR in transcriptome of medicinal leeches and mining of anticoagulant related functional molecular markers |
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| WANG Bin,SUN Jing,LIU Ling-yun,QIAO Yong-feng,CHENG Xi,TONG Xiang-rong and WANG De-bin. Analysis on EST-SSR in transcriptome of medicinal leeches and mining of anticoagulant related functional molecular markers[J]. Chinese Traditional and Herbal Drugs, 2017, 48(1): 172-178 |
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| Authors: | WANG Bin SUN Jing LIU Ling-yun QIAO Yong-feng CHENG Xi TONG Xiang-rong WANG De-bin |
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| Affiliation: | Key Laboratory of Special Biological Resource Development and Utilization of Universities of Yunnan Province, Kunming University, Kunming 650224, China;Institute of Medical Biology, Chinese Academy of Medical Sciences and Peking Union Medical College, Kunming 650118, China;Key Laboratory of Special Biological Resource Development and Utilization of Universities of Yunnan Province, Kunming University, Kunming 650224, China;Department of Chemical Science and Technology, Kunming University, Kunming 650224, China;Key Laboratory of Special Biological Resource Development and Utilization of Universities of Yunnan Province, Kunming University, Kunming 650224, China;Key Laboratory of Special Biological Resource Development and Utilization of Universities of Yunnan Province, Kunming University, Kunming 650224, China;Key Laboratory of Special Biological Resource Development and Utilization of Universities of Yunnan Province, Kunming University, Kunming 650224, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | EST-SSR anticoagulation involved genes EST-SSR distribution functional marker medicinal leech |
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