基于权重基因共表达网络分析挖掘人参皂苷Rh1生物合成相关基因 |
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作者姓名: | 刘畅 刘思章 于靖辉 陈屏 雷军 王义 张美萍 |
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作者单位: | 吉林农业大学生命科学学院, 吉林省人参基因资源开发与利用工程研究中心, 吉林 长春 130118 |
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基金项目: | 吉林省科技厅项目(20180101027JC,20200403011SF);国家自然科学基金青年基金项目(31401445) |
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摘 要: | 目的 通过权重基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)挖掘人参皂苷Rh1生物合成相关基因。方法 以种植于吉林省人参主产区304个农家品种的转录组测序数据为基础,以人参皂苷Rh1含量为表型进行差异表达基因的挖掘。结果 通过WGCNA获得6个与人参皂苷Rh1含量密切相关的基因共表达模块,根据关联分析结果确定Green模块为与人参皂苷Rh1含量显著相关的关键模块。功能注释结果显示Green模块内的基因富集到m RNA结合、蛋白修饰等多个相关途径。通过构建基因互作网络筛选获得7个核心基因,功能预测表明这些基因可能在人参皂苷Rh1的生物合成途径中起着重要作用。对7个候选基因进行茉莉酸甲酯(methyl jasmonate,Me JA)体外调控分析。对人参不定根进行MeJA诱导处理,随Me JA的诱导,comp9517_c0_seq1、comp10896_c0_seq1、comp43180_c0_seq2、comp64014_c0_seq8的表达量与人参皂苷Rh1的含量同时呈现显著变化,但只有comp64014_c0...
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关 键 词: | 人参 人参皂苷Rh1 差异表达基因 权重基因共表达网络分析 茉莉酸甲酯 |
收稿时间: | 2023-10-05 |
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