胃低级别上皮内瘤变芯片数据的生物信息学分析

目的利用生物信息学技术分析与胃低级别上皮内瘤变(LGIN)发病相关的重要信号通路并筛选出关键基因,以期为LGIN的精确诊断及早期干预提供新的理论依据。方法选择美国国立生物中心的基因表达汇总(GEO)数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/),经挑选、核实后选择GES55696芯片数据集,应用GEO2R在线工具筛选慢性胃炎与LGIN的差异表达基因(DEGs),使用可视化和集成发现数据库(DAVID)在线工具对差异基因进行功能注释和通路分析,使用STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络并用其筛选出关键基因。结果获得数据集GSE55696,其中包括19个慢性胃炎样本、19个LGIN样本。共获取808个DEGs,其中524个表达上调,284个表达下调。慢性胃炎与LGIN之间的DEGs被富集在42个不同的基因本体(GO)子集中,包括生物过程(BP)、细胞成分(CC)和分子功能(MF)三个方面。DEGs主要富集在脂肪的消化吸收、维生素的消化吸收、胃酸分泌、蛋白质的消化吸收、化学致癌作用的通路。10个关键基因为激肽原1基因(KNG1)(37 Degree)、血清淀粉样蛋白A 1基因(SAA1)(27 Degree)、钙敏感受体基因(CASR)(24 Degree)、神经介素U受体2基因(NMUR2)(24 Degree)、趋化因子C-X-C基序配体1基因(CXCL1)(23 Degree)、载脂蛋白B基因(APOB)(21 Degree)、胰高血糖素原基因(GCG)(19 Degree)、载脂蛋白A1基因(APOA1)(18 Degree)、速激肽受体1基因(TACR1)(18 Degree)、生长抑素基因(SST)(16 Degree)。结论 LGIN的发生、发展主要与脂肪的消化吸收、维生素的消化吸收、胃酸分泌、蛋白质的消化吸收和化学致癌作用的关键通路及KNG1、SAA1、CASR、NMUR2、CXCL1、APOB等关键基因密切相关。