| 远志叶绿体基因组序列特征与系统发育分析 |
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| 引用本文： | 王星璐,李慧娟,赵伟,李彦青,秦雪梅,张福生.远志叶绿体基因组序列特征与系统发育分析[J].中草药,2023,54(11):3655-3665. |
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| 作者姓名： | 王星璐 李慧娟 赵伟 李彦青 秦雪梅 张福生 |
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| 作者单位： | 山西大学 中医药现代研究中心, 山西 太原 030006;山西中医药大学基础医学院, 山西 晋中 030619 |
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| 基金项目： | 山西省科技厅应用基础研究项目（201901D111039）；山西省科技成果转化引导专项（202104021301064）；吕梁市引进高层次科技人才重点研发项目（2021RC-2-13）；山西省基础研究计划（20210302123312） |
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| 摘 要： | 目的 解析远志Polygalatenuifolia叶绿体基因组信息序列特征和确定其在远志属的系统位置。方法 获得远志叶绿体基因组序列，借助Ge Seq、Chloroplot、MISA、REPute、Tandem repeats finder、CodonW、Geneious、IRscope、MAFFT7和IQtree2.0.5等生物信息学工具进行序列分析、密码子偏好分析、远志属基因组比较分析和系统发育研究。结果 远志的叶绿体基因组全长165 423 bp，为典型的环状四段式结构；包括1个大单拷贝区（large single copy,LSC;83 699 bp）,1个小单拷贝区（small single copy,SSC;8044 bp）和1对反向重复区（inverted repeats,IRs;36 840 bp），该基因组共注释到135个基因，包括8个rRNA基因、38个tRNA基因和89个蛋白编码基因。该基因组中共检测到161个SSR位点，223条散在重复序列，90条串联重复序列；亮氨酸（Leu）是远志叶绿体基因组中使用次数最高的氨基酸（10.21%），同义密码子相对使用频次（RS...
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| 关 键 词： | 远志 叶绿体基因组 序列特征 密码子偏好性 系统发育分析 |
| 收稿时间： | 2022/10/3 0:00:00 |
Characterization and phylogenetic analysis of complete chloroplast genome of Polygala tenuifolia |
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| WANG Xing-lu,LI Hui-juan,ZHAO Wei,LI Yan-qing,QIN Xue-mei,ZHANG Fu-sheng.Characterization and phylogenetic analysis of complete chloroplast genome of Polygala tenuifolia[J].Chinese Traditional and Herbal Drugs,2023,54(11):3655-3665. |
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| Authors: | WANG Xing-lu LI Hui-juan ZHAO Wei LI Yan-qing QIN Xue-mei ZHANG Fu-sheng |
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| Institution: | Modern Research Center for Traditional Chinese Medicine, Shanxi University, Taiyuan 030006, China;College of Basic Medical Sciences, Shanxi University of Chinese Medicine, Jinzhong 030619, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Polygala tenuifolia Willd chloroplast genome sequence characterization codon preference phylogenetic analysis |
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