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基于单细胞转录组测序分析骨关节炎软骨细胞分化的分子机制
作者姓名:徐文飞  梅其杰  明春玉  段戡  袁长深  郭锦荣  胡琪  曾超  梁晓辉
作者单位:1. 广西中医药大学第一附属医院四肢骨伤科;2. 广西中医药大学附属瑞康医院老年病科;3. 湖南中医药大学第二附属医院创伤骨科
摘    要:目的 深度分析骨关节炎(osteoarthritis, OA)软骨细胞分化的单细胞转录组数据,探究其关键性靶基因及分子机制,为临床靶向治疗骨关节炎提供分子理论依据。方法 从GEO数据库下载数据集(GSE104782),包含10个骨关节炎样本及1 464个软骨单细胞测序结果,运用R语言分析软骨细胞分化中关键Marker基因,并采用质控和数据过滤、PCA、TSNE、细胞轨迹、GO、KEGG信号通路及蛋白互助网络分析揭示软骨细胞分化机制。结果该数据集共包含基因17 380种、20个主成分、9种细胞类型、1 886个Marker基因及6种分化途径,其中软骨祖细胞为软骨最早分化细胞。GO分析涉及软骨发育、结缔组织发育等生物过程;涉及含胶原蛋白细胞外基质、内质网内腔等细胞组分;涉及肝素结合、糖胺聚糖结合等分子功能。KEGG通路分析涉及蛋白质消化吸收、ECM受体相互作用、人乳头瘤病毒感染、补体与凝血级联反应、PI3K-Akt信号通路等信号通路。运用Cytoscape 3.7.2软件获得5个关键Marker基因(COL1A1、COL2A1、VEGFA、COL1A2、DCN)。结论 运用单细胞转录组测序...

关 键 词:骨关节炎  软骨细胞  单细胞转录组测序  分子机制
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