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| 河南及上海患者的HIV-1 gag基因p24蛋白编码序列及亚型初步分析 | |
| 引用本文： | 卢洪洲,尹春煜,蒋卫民,胡越凯,赵清霞,何云,孙洪清,潘孝彰,翁心华. 河南及上海患者的HIV-1 gag基因p24蛋白编码序列及亚型初步分析[J]. 中华传染病杂志, 2004, 22(6): 381-385 |
| 作者姓名： | 卢洪洲 尹春煜 蒋卫民 胡越凯 赵清霞 何云 孙洪清 潘孝彰 翁心华 |
| 作者单位： | 1. 200040,上海,复旦大学附属华山医院传染病科 2. 郑州市第六人民医院传染科 3. 上海市传染病医院 |
| 基金项目： | 教育部归国留学人员科研启动基金 (教育部 16) |
| 摘 要： | 目的了解河南及上海地区人类免疫缺陷病毒(HIV)感染者p24蛋白编码区的基因变异性以及亚型的分布状况.方法收集37份HIV-1感染患者的血浆标本,河南25份,感染途径主要是有偿供血;上海12份,主要是血制品感染及性接触感染.采用逆转录和套式聚合酶链反应(PCR)扩增并直接测序,然后进行序列比对及进化树分析.结果83.8%(31/37)为B亚型,河南患者中23例为B亚型,2例为A亚型;上海患者中8例为B亚型,1例为A亚型,2例为CRF01-AE亚型,1例为CRF02-AG亚型.与国际共享序列相比,B亚型p24编码区中发生核苷酸改变的位点比例河南为1.6%～4.2%,平均3 2%;上海为2.0%～3.8%,平均3.4%.在所有变异位点中均未发现连续G-＞A的高度突变.两组B亚型内平均基因离散率分别为3.7%和3.5%,B亚型与其他亚型之间的基因离散率则为11.1%～12.5%.河南及上海地区B亚型共享序列与国际共享序列进行比对,氨基酸变异的比例均为2.2%(5/231),其中有3个变异位点相同,分别为A14P、191V及E180D,而这两个共享序列之间的差异仅为0.9%(2/231).进化树分析亦表明所有样本中大多为B亚型,且与源自泰国的B'亚型相距较近.结论河南及上海地区的B亚型之间有较高的同源性,p24蛋白有共同的氨基酸变异位点. |
| 关 键 词： | B亚型 患者 异位 蛋白 基因离散率 HIV-1 CRF 相同 变异 差异 |
| 修稿时间： | 2003-06-30 |
Sequence variation of p24 coding region and subtype analysis of human immunodeficiency virus type 1 in Henan province and Shanghai of China |
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| Abstract: | |
| Keywords: | HIV-1 Genes gag Sequence analysis |
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