| 黄背草与2种菅属植物叶绿体基因组特征比较及系统发育分析 |
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| 作者姓名： | 赵鹏宇 赵威 侯智扬 李潇 刘博宽 杜瑶 谢睿琪 曹泽林 王开开 |
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| 作者单位： | 河南科技大学农学院, 河南 洛阳 471000;中国科学院分子植物科学卓越创新中心 植物分子遗传国家重点实验室, 上海 200032;河南科技大学基础医学与法医学院, 河南 洛阳 471000 |
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| 基金项目： | 中国科学院大学生创新实践训练计划项目（20224001686）;河南省大学生创新创业训练计划项目（202210464086）;河南省特色骨干学科建设——旱地绿色智慧农业学科群（17100001）;NSFC-河南人才培养联合基金项目（U1304306） |
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| 摘 要： | 目的 以黄背草Themeda japonica为试验材料,比较分析其与阿拉伯黄背草T. triandra、中华菅T. quadrivalvis2种同属植物的叶绿体基因组特征及其与近缘物种的系统发育关系。方法 采用Illumina HiSeq高通量测序平台首次对黄背草叶绿体基因组进行测序,使用SPAdes和CpGAVAS2分别对其进行组装和注释,并用Codon W、DnaSP和MISA等对其与2种同属植物进行一系列比较基因组分析,利用最大似然法（maximum likelihood,ML）构建系统进化树。结果 3个叶绿体基因组全长为138 735～138 961 bp,具有典型的四分体结构,共注释出129个基因;黄背草与其同属的2个物种相比,反向重复区（inverted repeats,IR）收缩了2132 bp,大单拷贝区（large single copy region,LSC）扩张了约4000 bp,而小单拷贝区（small single copy region,SSC）变化不大。密码子偏好性分析显示,3个叶绿体基因组相对丰度最大和最小的密码子都相同,同义密码子相对使用丰度略有不同...
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| 关 键 词： | 黄背草 菅属 叶绿体基因组 系统发育分析 高通量测序 密码子偏好性 |
| 收稿时间： | 2023-02-26 |
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