基于生物信息学的非酒精性脂肪性肝病关键基因筛选及实验验证 |
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引用本文: | 王一涵,漆光紫,李文学,岑育芳,韦俊宏,唐玉航,肖荣清,何志雁,庞雅琴.基于生物信息学的非酒精性脂肪性肝病关键基因筛选及实验验证[J].广西医科大学学报,2023(7):1092-1100. |
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作者姓名: | 王一涵 漆光紫 李文学 岑育芳 韦俊宏 唐玉航 肖荣清 何志雁 庞雅琴 |
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作者单位: | 1. 右江民族医学院基础医学院;2. 右江民族医学院公共卫生与管理学院;4. 右江民族医学院“环境污染与健康风险评价”重点实验室;5. 广东省广州市疾病预防控制中心毒理与生化检验科;6. 右江民族医学院医学检验学院 |
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摘 要: | 目的:探索非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)潜在的关键基因和microRNAs(miRNAs)。方法:从美国国立生物技术信息中心(NCBI)公共基因芯片数据平台(GEO)数据库下载两个基因表达谱芯片(GSE96936和GSE62267),利用GEO2R在线工具筛选出NAFLD组与正常对照组的差异表达基因(DEGs),对DEGs进行GO和KEGG信号通路富集分析,进一步应用STRING数据库构建蛋白质—蛋白质相互作用(PPI)网络,用Cytoscape筛选出关键基因。构建NAFLD小鼠模型,通过实时荧光定量PCR(RT-qPCR)验证筛选出的关键基因,利用NetworkAnalyst构建关键基因的靶向miRNAs。结果:总共鉴定出192个DEGs,GO分析显示DEGs生物学功能主要涉及5个KEGG通路,包括类固醇激素生物合成、补体与凝血级联、胆汁分泌、化学致癌、视黄醇代谢相关信号通路,结合PPI网络和CytoHubba的结果,筛选出Tyrobp、Hck、Ctss、Aif1、Fcgr1、Cd68、Cd53、Ly86、Fyb和Alox5ap 10个关键基因,通过RT-qPCR检测,发现与正常肝...
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关 键 词: | 生物信息学 非酒精性脂肪性肝病 基因 miRNAs |
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