鸡骨草与毛鸡骨草的比较转录组学分析 |
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引用本文: | 邱雨,黄伟斌,何翠敏,薛显妹,袁旭江.鸡骨草与毛鸡骨草的比较转录组学分析[J].中药新药与临床药理,2021,32(6):853-861. |
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作者姓名: | 邱雨 黄伟斌 何翠敏 薛显妹 袁旭江 |
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作者单位: | (广东药科大学新药研发中心,国家中医药管理局中药制剂三级实验
室,广东省教育厅现代中药重点实验室,广东广州510006) |
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基金项目: | 广东省自然科学基金项目(2018A030313312)。 |
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摘 要: | 的比较鸡骨草和毛鸡骨草转录组信息,获得两者比较转录组学的差异。方法利用Illumina
HiSeqTM 4000 高通量测序平台对鸡骨草和毛鸡骨草嫩叶样品进行转录组测序;将基因序列与蛋白库作blastx 比
对,通过预测编码蛋白框获得编码蛋白和蛋白序列;使用blastp 和OrthoMCL 软件联用法找出物种间的特有基
因和同源基因,开展特有基因KEGG 和GO 富集分析、单拷贝同源基因分析。结果鸡骨草和毛鸡骨草分别检
测出18 073、17189 个特有基因,同源基因有37881 个。特有基因KEGG 富集分析发现,鸡骨草的核糖体途
径富集基因数量最多且差异最显著,毛鸡骨草中ABC 转运蛋白和胞吞作用途径等显著性富集,植物-病原互作
在两个物种间都呈现显著性富集;GO 富集分析中发现,鸡骨草的胞吞作用调节、囊泡介导的转运调节、核糖
体等显著富集,毛鸡骨草中的微管结合复合物、细胞骨架、细胞膜和蛋白磷酸化作用呈现显著性富集。近缘物
种比对分析结果显示鸡骨草和毛鸡骨草的物种亲缘关系极为相近。此外,鸡骨草和毛鸡骨草分别发现了2 102、
1 794 个简单重复序列(SSR),两者出现频率最高的串联重复单元都为AG/CT。结论研究揭示了鸡骨草与毛
鸡骨草在转录组学上的异同,两者具有极为接近的亲缘关系,而特有基因差异揭示了两者在生物代谢、信号传
导、发育和功能等方面又存在不同,研究结果将为两者在栽培、生物调控和品质等方面的后续研究奠定基础。
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关 键 词: | 鸡骨草 毛鸡骨草 转录组 高通量测序 |
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