| 肥厚型心肌病可变剪接图谱分析 |
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| 引用本文： | 韩自强,卜德超,张策,吴桂鑫,邹玉宝,王水云,宋雷,赵屹,王继征.肥厚型心肌病可变剪接图谱分析[J].中国分子心脏病学杂志,2020(1):3249-3254. |
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| 作者姓名： | 韩自强 卜德超 张策 吴桂鑫 邹玉宝 王水云 宋雷 赵屹 王继征 |
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| 作者单位： | 中国医学科学院北京协和医学院国家心血管病中心阜外医院心血管疾病国家重点实验室;中国科学院计算技术研究所生物信息学研究组智能信息处理重点实验室;中国医学科学院北京协和医学院国家心血管病中心阜外医院心血管内科;中国医学科学院北京协和医学院国家心血管病中心阜外医院心血管外科 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金面上项目(81570270);中央级公益性科研院所基本科研业务费(2018RC310006). |
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| 摘 要： | 目的绘制人心脏组织mRNA可变剪接图谱,探究肥厚型心肌病(HCM)中可变剪接的变化情况。方法收集HCM患者和正常人心肌组织,提取RNA并进行链特异性RNA深度测序,检测可变剪接变化,并通过功能富集分析初步了解HCM中受可变剪接调控的信号通路。实时荧光定量PCR检测可变剪接导致的不同转录本的表达变化,并在心肌肥厚动物模型中验证。结果在人类心肌组织中共发现11604个基因的94990个可变剪接事件,其中124个基因的可变剪接在HCM心肌组织中发生显著改变;GO和KEGG通路富集分析,显示可变剪接主要影响肌丝滑动、心肌收缩、肥厚型心肌病、扩张型心肌病、钙离子信号通路等功能或通路。RNA测序和定量PCR均显示虽然CAMK2δ表达总量不变,但是它的两个外显子互斥转录本,CAMK2δ3和CAMK2δ9,表达量发生了相反的改变;小鼠肥厚心肌模型也验证了这一发现。结论本研究首次绘制了人类心脏可变剪接图谱,明确HCM中多个基因发生可变剪接改变,发现即使基因表达总量没有变化,但基因不同转录本却可能通过可变剪接发生显著改变。提示可变剪接在HCM心肌肥厚中可能发挥重要作用,可变剪接图谱分析有助于更好地识别疾病相关的基因和通路。
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| 关 键 词： | 肥厚型心肌病 可变剪接 图谱 CAMK2δ |
Analysis of Alternative Splicing Profile in Hypertrophic Cardiomyopathy |
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| HAN Zi-qiang,BU De-chao,ZHANG Ce,WU Gui-xin,ZOU Yu-bao,WANG Shui-yun,SONG Lei,ZHAO Yi,WANG Ji-zheng.Analysis of Alternative Splicing Profile in Hypertrophic Cardiomyopathy[J].Molecular Cardiology of China,2020(1):3249-3254. |
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| Authors: | HAN Zi-qiang BU De-chao ZHANG Ce WU Gui-xin ZOU Yu-bao WANG Shui-yun SONG Lei ZHAO Yi WANG Ji-zheng |
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| Institution: | (State Key Laboratory of Cardiovascular Disease,Fuwai Hospital,National Center for Cardiovascular Disease,Chinese Academy of Medical Sciences and Peking Union Medical College,Beijing 100037,China;Key Lab of Intelligent Information Processing,Institute of Computing Technology,Chinese Academy of Sciences,Beijing 100190,China;Department of Cardiovascular Medicine,Fuwai Hospital,National Center for Cardiovascular Disease,Chinese Academy of Medical Sciences and Peking Union Medical College,Beijing 100037,China;Department of Cardiovascular Surgery,Fuwai Hospital,National Center for Cardiovascular Disease,Chinese Academy of Medical Sciences and Peking Union Medical College,Beijing 100037,China) |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Hypertrophic cardiomyopathy Alternative splicing Profile CAMK2δ |
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