银屑病发病关键基因筛选、与免疫细胞浸润关系及有治疗潜力的中药预测 |
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引用本文: | 潘素跃,王朴,黄巧,胡敏,彭怡,李伟佳,戚嘉慧,刘凌宇,江千帆,何玉清.银屑病发病关键基因筛选、与免疫细胞浸润关系及有治疗潜力的中药预测[J].山东医药,2023(27):37-42. |
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作者姓名: | 潘素跃 王朴 黄巧 胡敏 彭怡 李伟佳 戚嘉慧 刘凌宇 江千帆 何玉清 |
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作者单位: | 1. 广东医科大学公共卫生学院流行病与卫生统计学系广东医科大学医学系统生物学研究所;2. 东莞市寮步医院皮肤科 |
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基金项目: | 国家自然科学基金(81773312); |
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摘 要: | 目的 筛选银屑病发病关键基因,分析银屑病发病关键基因与免疫细胞浸润水平之间的关系,并筛选对银屑病有治疗潜力的中药,为研究银屑病的发病原因、发病机制提供参考。方法 在GEO数据库检索银屑病基因芯片,筛选出银屑病差异共表达基因(DEGs);通过WGCNA包筛选出银屑病相关性最高的基因模块;将获取的银屑病DEG s与银屑病相关性最高的模块取交集,获得银屑病高度相关DEG s,并对其进行GO分析、KEGG分析。采用MCC、DEGREE、EPC和CLOSENESS算法从银屑病高度相关DEG s中筛选出与银屑病相关性更强的DEGs为银屑病发病关键基因。利用CIBERSORT反卷积法、Pearson相关分析银屑病发病关键基因与免疫浸润细胞比例的关系。通过将银屑病发病关键基因映射至COREMINE medical数据库,筛选出对银屑病有治疗潜力的中药。结果 共筛选出348个DEG s。GO富集分析显示DEGs主要富集在对外部生物刺激的反应、线粒体蛋白复合体、内肽酶活性、丝氨酸型肽酶活性等方面;KEGG富集分析显示其主要涉及NF-κB信号通路、Toll样受体信号通路、细胞因子-细胞因子受体的相互作用、P...
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关 键 词: | 银屑病 差异表达基因 免疫浸润细胞 中药材 反卷积法 生物信息学 |
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