| 基于数据挖掘分析同源盒基因C9在胃癌中的表达及意义 |
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| 引用本文： | 米阳,任飞飞,刘斌,于泳,黄煌,梅璐,郑鹏远.基于数据挖掘分析同源盒基因C9在胃癌中的表达及意义[J].肿瘤基础与临床,2021,34(1):29-35. |
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| 作者姓名： | 米阳 任飞飞 刘斌 于泳 黄煌 梅璐 郑鹏远 |
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| 作者单位： | 马歇尔医学研究中心、郑州大学第五附属医院消化内科,河南 郑州450052 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金资助项目(81970491);幽门螺杆菌杰出外籍科学家工作室项目(GZS2018001)。 |
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| 摘 要： | 目的通过数据挖掘分析同源盒基因C9(HOXC9)在人胃癌中的表达及其意义。方法利用TIMER、Fire Browse数据库分析HOXC9基因在不同肿瘤类型的表达情况;利用Oncomine、基因表达谱数据动态分析(GEPIA)、肿瘤基因组图谱(TCGA)、基因表达汇编(GEO)等数据库分析HOXC9基因在胃癌中的表达;Kaplan-Meier分析HOXC9基因高低表达与胃癌患者预后的关系;Ualcan数据库分析幽门螺杆菌感染与HOXC9基因表达的相关性;通过R软件包对HOXC9基因共表达的基因做共聚类微阵列数据分析;最后对胃癌中与HOXC9表达正相关的基因进行基因本体分析(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析。结果TIMER、Fire Browse数据库的数据均提示HOXC9基因在绝大多数肿瘤组织中均有高表达趋势。Oncomine数据库中胃癌组织中HOXC9表达高于正常胃黏膜,并且TCGA、GEO数据库研究得到一致的结果。Kaplan-Meier Plotter数据库中231936-at芯片结果显示,HOXC9高表达组患者远期生存率下降。Ualcan数据库分析发现,幽门螺杆菌感染的胃癌HOXC9基因表达上调。胃癌中与HOXC9共表达的基因有HOXC6、HOXC8、HOXC10、HOXC11、HOXC13、HOTAIR等20个基因。GO分析发现胃癌中HOXC9富集在转录因子活性,与特定DNA序列结合、染色体结合、转录调控、细胞核、混合谱系白血病蛋白1复合体等相关的基因功能上;而KEGG富集分析发现HOXC9富集于钙离子信使通路、环磷酸鸟苷酸依赖性蛋白激酶信号通路、肿瘤的转录失调等9个通路。结论HOXC9在胃癌组织中呈高表达,与幽门螺杆菌感染相关,高表达患者的预后不良,有望成为胃癌治疗的新靶点。
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| 关 键 词： | 同源盒基因C9 胃癌 幽门螺杆菌 |
Expression and significance of the homeobox C9 gene in gastric cancer:An analysis based on data mining |
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| MI Yang,REN Feifei,LIU Bin,YU Yong,HUANG Huang,MEI Lu,ZHENG Pengyuan.Expression and significance of the homeobox C9 gene in gastric cancer:An analysis based on data mining[J].journal of basic and clinical oncology,2021,34(1):29-35. |
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| Authors: | MI Yang REN Feifei LIU Bin YU Yong HUANG Huang MEI Lu ZHENG Pengyuan |
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| Institution: | (Marshall Medical Research Center,the Fifth Affiliated Hospital of Zhengzhou University,Zhengzhou 450052,China) |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | homeobox C9 gene gastric cancer Helicobacter pylori |
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