| 大肠杆菌J2_5的全基因组测序及比较基因组分析 |
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| 引用本文： | 支娅茹,张莹,于鑫焱,刘晓秋.大肠杆菌J2_5的全基因组测序及比较基因组分析[J].南京医科大学学报,2022,42(8):1065-1072. |
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| 作者姓名： | 支娅茹 张莹 于鑫焱 刘晓秋 |
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| 作者单位： | 南京医科大学病原生物学系,江苏省现代病原生物学重点实验室,江苏 南京 211166 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金(81501797，31800156) |
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| 摘 要： | 目的：分析多耐药大肠杆菌J2_5的进化分群、耐药基因及毒力基因，为临床诊断及用药提供理论依据。方法：采用高通量测序法对J2_5进行全基因组测序，并使用多种生物信息学工具和数据库进行数据比对分析。结果：该菌的全基因组总长度为4.7 Mb，GC含量为50.78%。多位点序列分型(MLST)分析发现其ST型为ST2491，和大肠杆菌野生株 MG1655分型ST10 不同。系统发育树进一步分析表明J2_5与MG1655的亲缘关系较近。抗生素耐药性综合数据库(CARD)分析发现该菌有65 个耐药基因，主要通过4类耐药机制(抗生素外排泵、抗生素失活、抗生素靶点改变、降低对抗生素的渗透性)产生耐药性。毒力因子数据库(VFDB)分析发现该菌有7类40个毒力基因，编码黏附素、侵袭、自主转运蛋白等毒素蛋白。使用Prophage Hunt? er网上工具发现J2_5基因组存在3个前噬菌体，并且前噬菌体上带有1个毒力基因。结论：全基因组测序结果表明J2_5携带更多的毒力基因及耐药基因，是其致病性强和具有多种抗生素耐药性的原因。
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| 关 键 词： | 大肠杆菌 全基因组 MLST 系统发育 耐药基因 毒力基因 原噬菌体 |
Whole genome sequencing and comparative genomics analysis of Escherichia coli J2_5 |
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| ZHI Yaru,ZHANG Ying,YU xinyan,LIU Xiaoqiu.Whole genome sequencing and comparative genomics analysis of Escherichia coli J2_5[J].Acta Universitatis Medicinalis Nanjing,2022,42(8):1065-1072. |
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| Authors: | ZHI Yaru ZHANG Ying YU xinyan LIU Xiaoqiu |
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| Institution: | Jiangsu Key Laboratory of Pathogenic Biology,Nanjing Medical University,Nanjing 211166 ,China |
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| Keywords: | |
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