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基于RNA-Seq技术研究没食子酸对脂多糖诱导的巨噬细胞炎性反应的作用机制北大核心CSCD
作者姓名:樊静鲁兰樊荣何家林陈萨程强
作者单位:1.成都大学药学院四川抗菌素工业研究所610106;
基金项目:国家自然科学基金资助项目(编号:81803812)。
摘    要:目的:基于转录组测序(RNA-Seq)技术,研究天然多酚化合物没食子酸对脂多糖(LPS)诱导的巨噬细胞炎性反应的作用机制。方法:采用LPS刺激RAW264.7巨噬细胞构建体外炎症模型,CCK-8法检测没食子酸对细胞存活率的影响,并用Griess法检测细胞培养液中一氧化氮(NO)的含量变化;使用Illumina测序平台对正常对照组、模型对照组和50μg/mL的没食子酸处理组进行转录组测序,用DEGseq2软件分析各组间差异表达基因,用clusterProfiler软件包对差异基因进行GO生物富集和KEGG通路分析;用STRING数据库对下调差异表达基因进行PPI互作网络分析,并用Cytoscape软件和TRRUST数据库筛选关键枢纽基因以及转录因子;通过实时荧光定量PCR(qRT-PCR)验证10个显著下调的差异表达基因。结果:没食子酸作用于RAW264.7巨噬细胞的最大安全浓度为50μg/mL;与正常对照组比较,模型对照组的NO释放量显著升高(P<0.01);与模型对照组比较,6.25、12.5、25和50μg/mL的没食子酸处理组NO释放量均显著降低(P<0.01);差异基因分析显示,与正常对照组比较,模型对照组激活了多个上调的炎症信号转导通路;50μg/mL的没食子酸处理组能使模型对照组上调基因中的274个基因显著下调,模型对照组下调基因中的306个基因显著上调;这些基因主要富集于β干扰素、γ干扰素的反应、细胞因子受体相互作用、NOD样受体、JAK-STAT信号通路、过氧化物酶体、N-聚糖生物合成和嘌呤代谢等通路;通过对下调差异基因的网络分析,筛选得到包括Ifit1、Irf7、Usp18、Ifit3、Mx1、Oasl2、Isg15、Ifit2、Stat2和Ifnb1在内的10个可能产生影响的关键基因以及4个重要转录因子;qRT-PCR验证结果显示10个关键基因表达趋势与转录组测序一致。结论:没食子酸可能通过对多个炎症免疫的生物过程、信号通路以及关键靶点的调控,抑制LPS诱导的RAW264.7巨噬细胞的炎症反应,其中干扰素介导的JAK-STAT、细胞因子受体和NOD样受体信号通路可能在此过程中发挥关键作用。本试验为进一步研究没食子酸抗炎分子机制提供了新思路。

关 键 词:没食子酸  转录组  巨噬细胞  炎症
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