探讨X^2检验结合FDR筛选致病SNPs位点的适用条件

目的在单核苷酸多态性（SNPs）数据中探讨不同模拟条件X^2检验结合错误发现率（FDR）筛选SNPs位点的适用条件。方法依据2009年2月发布HapMapm期美国犹他州北欧和西欧后裔人群22号染色体前5000个SNPs数据，采用HAPGEN2模拟病例对照数据，运用Haploview4．2筛选标签SNPs（TagSNPs），比较不同模拟条件筛选致病SNPs的正确率。结果相对危险度（RR）获取方式无显著差异；3种遗传模型均表现正确率随RR值增大而增高，RR相同时，加性模型正确率最高，显性模型次之，隐性模型最低；加性模型RR〉2．2、显性模型RR〉4和隐性模型RR〉5时，正确率超过60％。结论X^2检验结合FDR在加性模型效果最佳，实际科研工作需依据目标疾病具体情况考虑是否适合X^2检验结合FDR方法。