基因芯片分型中荧光标记引物的多重扩增及试验优化

基因芯片技术以其平行高效多位点多态性分型的优势，在基础和临床研究中被广泛应用。然而，随着位点增多，扩增目的片段更繁琐，为了提高效率和降低成本，就需要在同一反应体系内进行多重扩增。而多重扩增的关键问题是，同一体系内引物对的最大化，并有效减少非特异扩增。目前，此环节可通过计算机辅助设计和尝试不同引物对组合解决。由于芯片分型以杂交信号强弱为检测指标，扩增片段要载有荧光剂，因此多重扩增必须考虑到荧光标记物——青色素（Cy3）的大分子位阻效应。但是，Cy3的存在不可避免地降低了PCR的效率，为此本研究对相关试验条件进行优化。     

bcr-abl基因检测寡核苷酸芯片的制备及分析

为了研究bcr-abl融合基因检测芯片在白血病诊断、分型、治疗方案选择及预后判断中的应用价值，设计了融合基因检测探针，制戍寡核苷酸芯片；采用逆转录方法、荧光标记白血病细胞cDNA并进行杂交，以检测白血病细胞中bcr-abl基因。结果表明：通过对不同杂交温度、洗涤条件等的探索获得了较好的反应条件并用制备的芯片检测出了细胞株中的bcr-abl融合基因。结论：应用寡核苷酸芯片检测白血病细胞bcr-abl融合基因有独特的优势，具有一定的临床应用价值，但也存在一定的不足，若对芯片进一步改进，则今后在血液病方面应用前号是非常广阔的。     

肿瘤相关寡核苷酸芯片筛选乳腺癌表达基因的研究

乳腺癌的发生、发展和治疗具有很强的个体特异性。寡核苷酸芯片是一种高通量基因检测技术。目前，该项技术已被用于炎症“和细胞分化”相关基因等研究领域。本研究制备了288条人类肿瘤相关基困的寡核苷酸芯片，并对乳腺癌组织和正常乳腺黏膜组织所表达的基因进行筛选，同时进行差异表达基因生物信包学分析研究．以揭示这些差异基因与乳腺癌发生、丹化、浸润及淋巴结转移之问的内在联系。     

肺鳞癌组织中208个肺癌相关基因的表达

目的 病理学上诊断同样为肺鳞癌的患者,其治疗疗效和愈后往往存在一定差异,本研究利用本实验室制作的 208个肺癌相关基因芯片,探讨了 7例肺鳞癌组织中基因表达的异质性,试图为患者的治疗和预后提供分子依据. 方法 提取 7例男性肺鳞癌患者(年龄在 55～ 65岁之间)癌组织的总 RNA并用 LD- PCR标记成探针,然后与含有 208个肺癌相关基因的 cDNA Microarray杂交,芯片用 ImaGene软件分析和处理数据. 结果 7例肺鳞癌组织之间 208个肺癌相关基因表达的相似性在 60.65% ～ 82.69%之间. 结论 本研究首次对肺鳞癌患者不同个体之间基因的表达进行研究并发现存在一定的差异,提示应注意癌症患者的个体化诊断和治疗.     

用寡核苷酸芯片研究淋巴瘤细胞系细胞与正常淋巴细胞间差异表达的基因

我们应用寡核苷酸芯片技术,分别筛选Burkitt’s淋巴瘤(BL)和皮肤T细胞淋巴瘤(CTCL)细胞系细胞与正常淋巴细胞间差异表达的基因,并对其功能进行初步的分析。材料和方法1　寡核苷酸探针的设计　芯片所包括的基因来源主要有:①Alizadeh等[1 ] 从1785 6条基因中筛选出的与恶性淋巴瘤特别是与弥漫大B细胞淋巴瘤(DLBCL)发病、分型密切相关的基因4 3条;②近年文献报道的和肿瘤发生发展相关的癌基因、抑癌基因或涉及细胞周期调控、分化凋亡诱导、信号转导等有关的基因5 6条;③部分基因库所登录的功能未确定、我们正在研究的淋巴瘤/肿瘤相关新…     

寡核苷酸微阵列法检测高血压患者血管紧张素转换酶基因多态性的临床应用

目的　了解血管紧张素转换酶(ACE)的单核苷酸多态性 (SNPs)与高血压的相关性。方法　制备一种基于PCR 序列特异寡核苷酸探针法 (PCR SSOP)原理的寡核苷酸阵列芯片,用于对ACE基因的多个SNPs位点(C5467T,A9596G,A11860G,intron16上 287bpI/D)的同步检测, 并采用该芯片测定了 50名健康者和 80例高血压患者ACE基因的多态性谱。结果　高血压患者ACE基因A11860G的基因型分布为(AA: 24;AG: 10;GG: 46),与健康者的基因型分布 (AA: 15;AG: 18;GG: 17)相比较差异有统计学意义 (χ2 = 11 39,P< 0 01);高血压患者ACE基因I/D的基因型分布为 (II: 37;ID: 12;DD:31),与健康者的基因型分布(II: 23;ID: 5;DD: 22 )相比较差异有统计学意义 (χ2 =12 87,P< 0 01);而C5467T、A9596G的基因型分布在两组人群中未见差异有统计学意义。结论　ACE基因A11860G和I/D一样可能与高血压发生、发展密切相关;ACE寡核苷酸基因芯片技术实现了对ACE基因的多个SNPs多态性位点的同步检测,方法简单、操作方便。     

靶向反义硫代寡脱氧核苷酸抗病毒疗效的实验研究

目的 探讨靶向反义硫代寡脱氧核苷酸（asODN)在乙型肝炎（HBV）病毒转基因小鼠体内抗病毒疗效。方法 设计合成针对HBV pre-C/C基因的反义硫代寡脱氧核苷酸：5'-CATGCCCCAAAGCCAC-3'，并以半乳糖－多聚赖氨酸（Gal15-PLL)作肝靶向载体。将12只血清HBsAg,HBV DNA阳性的转基因小鼠等分为Gal15-PLL-asODN治疗组及生理盐水对照组。靶向反义硫代寡脱氧核苷酸以每天每克体重15μg剂量，尾静脉注射给药，共12d，对照组用同样体积生理盐水同样方法给药。结果 注射Gal15-PLL-asODN 6d后，血清HBsAg已有下降（P＜0．05）；12d时显著下降（P＜0．01），且血清HBV DNA转阴率为66．7％（4／6），肝组织免疫组织化学HBsAg,HBcAg阳性肝细胞数较对照组明显下降（P＜0．05）；而生理盐水对照组无明显变化。结论 靶向反义硫代寡脱氧核苷酸在转基因小鼠体内能抑制HBV复制与抗原表达。     

醛固酮对人胎儿心脏成纤维细胞增殖以及胶原表达的影响

目的:探讨人胎儿心脏成纤维细胞(FCFS)经不同浓度的醛固酮(ALD)干预后增殖的变化以及对细胞中I、III型胶原表达的影响。方法:采用胶原酶II消化法、差速贴壁法、差速脱壁法获取并纯化FCFS,在不同浓度醛固酮作用下,应用CCK-8活细胞计数试剂盒检测细胞的增殖率。应用RT-PCR方法检测细胞中I型胶原前胶原A1(COL1A1)和III型胶原前胶原A1(COL3A1)mRNA的变化,应用Western blot检测COL1A1、COL3A1蛋白表达的变化。结果:ALD可浓度依赖性促-进FCFS增殖;低浓度的ALD(10-9、10-8、10-7mol/L)可明显促进FCFS中COL1A1、COL3A1表达,而10-6mol/L的ALD没有明显作用,10-5mol/L的ALD甚至起到抑制作用。结论:ALD可促进FCFS的细胞增殖,其增殖程度随浓度升高而升高;ALD在一定浓度范围内可以促进COL1A1和COL3A1表达,高浓度ALD对两种分子表达具有抑制作用。     

7种立克次体甄别检测基因芯片方法的建立

目的：建立一种能同时检测7种立克次体的化学发光基因芯片法。方法根据NCBI公开发表的7种立克次体的序列设计引物和探针,制备立克次体甄别检测基因芯片。利用多重不对称PCR法扩增立克次体靶基因片段,标记的产物与基因芯片上的探针杂交,经清洗、化学发光显色后进行结果分析。在优化的多重PCR体系、杂交反应和化学发光检测条件下,评价芯片的特异性、灵敏度、重复性。用实时荧光PCR法与芯片法分别检测莫氏立克次体梯度稀释的核酸,比较两种方法的灵敏度。制备双盲模拟样本,进一步评价芯片方法的准确性。结果该研究共筛选出1对通用引物、4对特异性引物和1条立克次体属通用探针、9条特异性检测探针。该芯片检测质粒DNA的灵敏度为1．5×102～3×103拷贝／反应,检测模拟样本的灵敏度为103～104拷贝／μl。实时荧光PCR法与芯片法检测结果一致,实时荧光PCR法比芯片法灵敏度高10倍。双盲模拟样本检测符合率为100％。结论成功建立了可同时检测7种立克次体的化学发光基因芯片检测方法,为立克次体病的临床诊断和流行病学调查提供了一种新的高通量检测手段。     

一种快速定量检测炭疽杆菌方法的建立

目的：建立一种快速、准确、特异定量检测炭疽杆菌的方法。方法：根据复合探针荧光定量分析原理，以炭疽杆菌染色体rpoB基因为靶序列，设计合成引物和探针，对炭疽杆菌进行实时定量聚合酶链反应（PCR）检测，并探讨荧光探针与淬灭探针用量及比例、镁子浓度、淬灭探针长度对定量结果的影响。结果：本法最适条件：荧光探针浓度300mmol/L、荧光探针与淬灭探针的比例为1／2，镁离子浓度为3mmol/L，淬灭探针长15个核苷酸，该法检测炭疽杆菌的灵敏度达10^3拷贝，能特异区分炭疽杆菌与其他蜡样杆菌。结论：复合探针荧光定量PCR技术能够快速准确、特异、敏感地对炭疽杆菌进行定量分析，可为临床诊断提供帮助。