网络药理学技术工具:网络可视化及网络分析

网络药理学已经成为当前中医药研究的学科前沿.本文从网络药理学研究的一般流程人手,着重介绍网络药理学研究中的可视化和网络分析两大模块的基本概念和Cytoscape等常用工具.     

基于中医主治关联的中药饮片网络药理学研究

目的:以网络药理学:方法理念构建中药饮片网络,研究和诠释饮片的主治、功能与归经等属性间相互关系.方法:根据《中国药典》2010年版一部所载646种中药饮片的相关信息,采用文本挖掘法将饮片主治信息梳理归类;以主治来关联各味饮片.建立饮片网络模型;再对网络进行分析和诠释.结果:针对药典所载饮片,梳理归纳出 3 016对饮片-主治关联,据此建立饮片网络,表达了646味饮片的主治与功能间复杂网状关系;通过网络分析获知了药典未明确记载的某些饮片功能信息,且能反映饮片的归经属性.结论:本文方法可用于研究和诠释饮片主治、功能与口经等属性间相互关系.     

附子多成分作用靶点预测及网络药理学研究

目的:以常用中药附子为例,探索以中药化学成分预测其作用靶点,并构建中药多成分-多靶点网络.方法:根据1 401个美国FDA批准上市药物的分子结构及其相应靶点数据,采用随机森林法建立靶点预测模型;进而依据附子所含化学成分预测其作用靶点,并据此构建附子多成分-多靶点网络.结果:以附子的22个化学成分预测出多个作用靶点,预测结果得到文献数据印证.所建网络模型中每个化合物的平均靶点数为16.3,平均每个靶点与4.77个化合物相关联,反映出中药“多成分、多靶点”特点.结论:本方法可用于发现中药的某些潜在作用靶点.     

复方丹参方主要活性成分网络药理学研究

目的:采用网络药理学方法研究复方丹参方,探索其多成分-多靶点-多疾病相关关系.方法:针对方中丹参酮ⅡA、丹酚酸B、原儿茶醛、丹参素、隐丹参酮、三七皂苷R1、人参皂苷Rg1、人参皂苷Rb1、龙脑等9个活性成分,依据PubMed中相关文献知识构建多成分-基因网络,进而用OMIM数据库中的心血管相关疾病-基因关系数据,采用Cytoscape软件建立多成分-多基因-多疾病网络模型.结果与结论:网络分析表明,这9个活性成分可调控PPARG,ACE,KCNJ11,KCNQ1,ABCC8等42个心血管相关疾病基因表达,涉及糖尿病、高胰岛素型低血糖症等30种疾病,提示复方丹参方具有新的临床适应症研究前景.