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1.
目的 了解中国幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,HP)基因组特征及种群结构。方法 利用中国不同地域不同疾病分离的10株HP的基因组序列,并整合公共数据库中其他地域的HP基因组数据,通过比较基因组和生物信息学方法分析中国HP的基因组与种群结构特征。结果 中国HP核心基因为1 203个。菌株特异基因为19~32个,这些基因可能与中国HP在不同地域、不同疾病宿主中的适应性进化有关。基因组变异较大区域主要集中在编码限制修饰系统的基因和编码四型分泌系统的基因。基于核心基因组单核苷酸多态性(SNP)的种群分析确定中国菌株均属于hpEastAsia群,hspEAsia亚群,且不同地域菌株具有地域聚集性特点。在3株中国HP基因组序列中发现了前噬菌体序列,携带噬菌体组装所需的必要元件。结论 基于核心基因组SNP分析中国菌株均属于hpEastAsia群,hspEAsia亚群,且具有地域聚集性。为深入挖掘中国不同地域不同疾病相关HP的遗传特征及研究噬菌体在HP进化与致病中的作用奠定了基础。 相似文献
2.
目的建立一种含有人源性内参基因的高灵敏度双重荧光PCR方法,以期用于生殖支原体感染的快速检测。方法根据生殖支原体MgPar重复序列中保守区域设计并合成特异性扩增引物和探针,添加人β-globin基因检测引物探针作为体系检测内参,建立并优化荧光PCR方法,使用标准浓度核酸进行扩增效率、灵敏度及特异度评价;用该方法检测62份临床标本,并与Mg-Pa荧光PCR结果相比较。结果建立的基于重复序列的荧光PCR方法对生殖支原体的检测限为0.5拷贝,Mg-Pa荧光PCR的检测限提高了一个数量级。该方法扩增16种其他支原体和常见生殖道致病菌均为阴性,特异度为100%。62份临床标本β-globin基因扩增均阳性,生殖支原体检测阳性率为3.2%(2/62)。结论建立的带内参检测生殖支原体的双重荧光PCR方法快速、灵敏、特异,并通过对标本进行质控,减少了假阴性结果的产生,提升了检测的准确性,具有良好的应用前景。 相似文献
3.
目的 为分析我国弯曲菌遗传特征,本研究根据已发表多株弯曲菌的全基因组测序特征及比对结果自行设计基因芯片,利用芯片对我国不同宿主来源菌株进行遗传特异性分析。方法 根据前期基因组水平比对分析的结果,利用Combimatrix tilingCustomArrayTM 90K芯片,设计DNA芯片。芯片包含已测序菌株 ICDCCJ07001、269.97、NCTC11168、81-176、81-116和RM1221共3384个CDS的探针序列,以及空肠弯曲菌耐药及致病性相关2个质粒共80个CDS的探针序列,与脂寡糖的合成相关基因簇16种共219个CDS的探针序列、荚膜多糖合成相关基因簇7种共160个CDS的所有序列。对我国不同宿主来源27株分离菌株提取DNA,利用芯片进行杂交,获得杂交信息并分析不同菌株CDS分布特征分析及聚类特点。结果 中国菌株的主要变异区域主要存在于与脂寡糖、荚膜多糖合成相关的基因簇、鞭毛修饰相关的基因簇、DNA限制/修饰相关的基因簇以及空肠弯曲菌Mu样噬菌体基因簇。基因组水平不同来源菌株CDS分布的聚类结果没有发现显著的宿主归因特点,但GBS相关菌株脂寡糖合成相关基因组成具有共性特征。结论 通过验证以及与过去研究的比较,本次研究中的基因芯片技术结果准确可信,本研究所用基因芯片在分析空肠弯曲菌基因多态性方面具有很好的优势,可用于弯曲菌遗传特征和重要毒力因子的分析和检测。 相似文献
4.
目的 建立一种快速、灵敏和特异的艾滋病相关支原体(穿透支原体、发酵支原体和梨支原体)多重实时荧光聚合酶链反应(Multiplex real-time PCR)检测技术。 方法 使用Beacon Designer 7.0软件在穿透支原体和发酵支原体的ftsZ基因以及梨支原体的rpoB基因保守区域设计多重引物及荧光探针,建立并优化艾滋病相关支原体Multiplex real-time PCR检测体系。分别使用3种支原体阳性质粒标准品评价体系的灵敏度,使用8种其他支原体、14种常见致病菌和人类基因组核酸评价该体系的特异度,并与普通聚合酶链反应(PCR)检测方法进行比较。 结果 该Multiplex real-time PCR方法对穿透支原体和发酵支原体检测灵敏度为103拷贝,约为普通PCR的10倍,对梨支原体检测灵敏度为102拷贝,约为普通PCR 100倍。该体系对8种其他支原体、14种常见致病菌和人类基因组均不能扩增。 结论 本研究建立的Multiplex real-time PCR方法可同时快速、准确的检测穿透支原体、发酵支原体和梨支原体。有望用于临床标本检测,完善对艾滋病相关支原体的检测能力。 相似文献
5.
目的 探讨胃液实时聚合酶链反应(real-time PCR)检测儿童幽门螺杆菌(HP)感染、克拉霉素敏感性和宿主CYP2C19基因代谢型方法的准确性,旨在寻求一种方便、快速、准确检测儿童HP感染,克拉霉素敏感性和CYP2C19基因代谢型的方法。方法 选取2013年7月至2014年11月北京儿童医院消化科123例13C呼气试验检查阳性的胃炎或消化性溃疡患儿进行电子胃镜检查,胃镜下取胃黏膜并收集胃液标本。从胃液中提取DNA,然后通过聚合酶链式反应(PCR)扩增RnaseP酶和cagH以检测幽门螺旋杆菌的存在。通过PCR限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)分别检测HP23SrRNA和宿主CYP2C19基因代谢型。研究共利用5对引物和9条探针进行HPcagH基因和23SrRNA基因,以及人RnaseP基因和CYP2C19∗2、CYP2C19∗3基因检测。将胃液结果与胃黏膜活检标本HP培养和E-test药敏试验及CYP2C19基因代谢型检测结果进行比较分析。结果 以胃黏膜HP培养、E-test药敏试验及CYP2C19基因代谢型检测结果为金标准,胃液实时PCR检测HP感染诊断敏感度为100%(94/94)、准确度为76.4%(94/123);检测克拉霉素是否耐药敏感度为98.9%(90/91)、特异度为66.7%(2/3),阳性符合率为98.9%(90/91)、阴性符合率为66.7%(2/3)、准确度为97.9%( 92/94);检测宿主CYP2C19基因代谢型的准确度为90.0% (90、100)。结论 胃液实时聚合酶链反应是检测儿童HP感染、克拉霉素敏感性和宿主CYP2C19基因代谢型有效方法,儿童临床值得推广。 相似文献
6.
目的利用高分辨力的双向电泳技术检测蛋白电泳后凝胶中的蛋白含量随时间推移的损失情况。方法用双向电泳蛋白裂解液提取鼠疫EV菌株(无毒疫苗株)全菌蛋白并定量。取800μg EV蛋白,平行进行两块双向电泳凝胶电泳,电泳结束后一块凝胶立刻固定并染色,另一块凝胶4℃放置8h后固定并染色,使用ImageMaster 2DElite软件比较分析两块凝胶蛋白点数量及蛋白丰度。结果相比直接固定染色的凝胶,8h后固定染色的凝胶中蛋白点扩散丢失严重,比电泳后直接固定凝胶少346个蛋白点,且部分相邻蛋白点发生融合,含量在20~350ng的低丰度蛋白65.9%因蛋白扩散丢失。结论蛋白凝胶放置8h后大量低丰度蛋白由于扩散会丢失,并直接影响后续免疫印迹、质谱鉴定等实验结果的可靠性。 相似文献
7.
目的了解临床呼吸道标本反复冻融对肺炎支原体分离培养的影响,促进肺炎支原体临床标本分离培养工作的开展。方法选取2008-2009年北京临床医院150份肺炎病例咽拭子标本,使用液体培养并通过颜色变化单位(CCU)测定法检测标本中活菌,对1~4次冻融样本的阳性培养率和/或活菌量进行分析。结果临床咽拭子标本(200μl)中肺炎支原体携带量主要在0~103CCU之间。带菌量≤10 CCU的标本占培养阳性标本的40%左右,此类标本带菌量为临界培养检测限,经每次冻融会造成约1/4的阳性标本培养转阴。带菌量10 CCU的标本,经3次反复冻融后均培养阳性,且CCU计数无明显变化,但培养阳性时间平均每次延长14 h左右。结论鉴于反复冻融对低病原体含量样品分离率的明显影响和对样品培养所需时间的明显延长,可能是影响临床样本支原体分离率的重要因素,应在样品分离培养前避免样品的反复冻融。 相似文献
8.
目的比较胃黏膜标本运输状态对幽门螺杆菌(Hp)检出率的影响,为Hp分离前胃黏膜标本的保存、运输方法的选择提供科学依据。方法随机抽取快速尿素酶检测阳性胃黏膜标本72份,分别保存于含有20%甘油的脑心浸液中。根据标本到达实验室的状态分为3组:完全溶解液体状态组(20份),部分冻融状态组(32份)和冰冻状态组(20份)。所有标本都来源于13C呼气试验(13C UBT)阳性患者。标本经研磨后接种于哥伦比亚和Karmali 5%脱纤维羊血琼脂培养基,置37℃微需氧环境(5.0%O2,10.0%CO2,85.0%N2)培养3~11 d。挑取单菌落,进行革兰染色检查及生化和PCR鉴定,比较3组标本Hp检出率差异。结果冰冻状态组标本Hp检出率95.0%(19/20),完全溶解液体状态组Hp检出率为15.0%(3/20),部分溶解状态组Hp检出阳性率59.4%(19/32),三组Hp检出率差异有统计学意义(P<0.05)。结论冻融胃黏膜标本Hp检出率显著降低。 相似文献
9.
目的分析针对3种不同基因靶点的胃黏膜标本幽门螺杆菌PCR检测的敏感性,评价PCR方法从胃黏膜标本中检测幽门螺杆菌用于临床诊断的价值。方法采集320例13C呼气试验阳性患者的胃黏膜标本,用针对ureA、ca-gA和vacA基因的3对引物进行PCR检测,同时进行幽门螺杆菌分离培养。分别对3对引物的PCR结果相互进行Kappa一致性检验,并比较组合PCR与培养结果。结果幽门螺杆菌培养的阳性率为81.88%(262/320);ureA、cagA和vacA PCR扩增阳性率分别为56.25%(180/320)、58.13%(186/320)和81.56%(261/320),组合PCR阳性率为90.94%。ureA、cagA和vacA PCR结果经一致性检验,Kappa值分别为0.209、0.137、0.129,检测结果具有互补性。结论单一基因PCR扩增的敏感性较低且不同基因扩增效果间的一致性较差。3对引物组合使用可提高PCR方法的敏感性,幽门螺杆菌检出率高于培养法,具有一定的实际应用价值。 相似文献
10.
对幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,Hp)抗原、抗体的研究是Hp分型、检测及疫苗开发的基础.Hp免疫血清的制备已成为常规技术,但血清制备过程中的各种因素均可能影响免疫血清的抗体谱,从而引起同类研究间因所用Hp抗体不同导致的结果的差异.本研究对Hp全菌免疫的兔血清抗体谱加以分析,讨论坳免疫血清制备中存在的一些问题和应对方法. 相似文献