结核杆菌的后基因组研究进展

结核病仍然是影响全球人类健康的主要威胁 ,1998年结核杆菌全基因组序列公布以来 ,结核病研究领域十分活跃。进展最快的是比较基因组学和功能基因组学 ,特别是转录组和蛋白质组的研究 ,以及细胞壁合成机制 ,因为它与抗结核药物作用机制有关。总之 ,结核杆菌全基因组序列为抗结核新药开发、耐多药结核病的诊断试剂和抗结核疫苗的研制提供一个重要的信息平台。     

6项指标联合检测在结核性与肺癌胸腔积液鉴别诊断中的价值

目的探讨联合检测ADA(腺苷脱氨酶)、CRP(C反应蛋白)、AMY(淀粉酶)、TNF-α(肿瘤坏死因子-α)、CEA(癌胚抗原)和糖类抗原211(CA211)在鉴别结核性与恶性胸腔积液中的临床意义。方法选取160例胸腔积液患者,其中结核性胸腔积液80例,肺癌恶性胸腔积液80例,运用速率法测定ADA(腺苷脱氨酶),化学发光法测定TNF-α与CEA(癌胚抗原),酶连续监测法测定AMY(淀粉酶),免疫比浊法测定CRP(C反应蛋白)及免疫放射法测定糖类抗原CA211。结果 ADA、TNF-α和AMY在结核性胸腔积液中的含量高于恶性胸腔积液,差异有统计学差异(P0.05)。CEA和CA211在恶性胸腔积液中的含量高于结核性胸腔积液中的含量,差异有统计学差异(P0.05)。CRP在结核性胸腔积液中的含量与恶性胸腔积液中的含量无明显差异。结论联合检测ADA、AMY、TNF-α、CEA及糖类抗原CA211有助于结核性与恶性胸水的鉴别诊断,具有一定的临床意义。     

胸液γ-干扰素对结核性胸膜炎的诊断意义

结核性胸膜炎是以淋巴细胞为主的渗出性炎症，及时治疗不但可以控制病情、消除病人痛苦，而且可以减少并发症、后遗症的发生。由于胸液常规检查缺乏特异性，难以与其他类型以淋巴细胞渗出为主的胸腔积液（特别是恶性胸腔积液）鉴别。国内外已有文献报道胸液中γ-干扰素对结核性胸腔积液的诊断具有良好特异性，本文通过测定胸液γ-干扰素浓度与其他指标比较，进一步阐明对结核性胸膜炎的诊断价值。     

结核杆菌诱导人巨噬细胞肿瘤坏死因子受体相关信号传导元件的表达谱

目的 调查人巨噬细胞肿瘤坏死因子受体(TNFR)相关信号传导元件在结核分枝杆菌入侵前后的转录水平和变化幅度。方法 利用含有12800个基因和19200个基因全长序列或部分序列的基因芯片研究结核分枝杆菌无毒株和有毒株入侵导致的人巨噬细胞U937全基因组在转录水平的表达谱变化的基础上，然后，在：Northern验证的基础上，通过生物信息学分析TNFR相关信号传导元件的表达。结果 结核分枝杆菌无毒株入侵导致的人巨噬细胞U937中与TNFR有关的表达变化不如有毒株的明显，TNFR被抑制，与TNFR相关的下游基因的表达没有检测到。有毒株导致的变化比较明显，MAP激酶，NF-kappa B，caspase，p53途径等下游元件的表达分别提高2～3倍，内源TNF表达上升2～4倍，TNF的转换酶disintegrin金属蛋白酶表达上升2倍。结论 TNFR相关的信号传导途径元件参与了宿主对细菌的免疫反应，这些基因在转录水平被调控。结核分枝杆菌有毒株比无毒株激发的基因表达变化大。造成这种差异的原因有待进一步分析。     

焦磷酸测序技术检测结核分枝杆菌四种药物耐药性

目的 利用焦磷酸测序技术检测结核分枝杆菌对利福平、异烟肼、氧氟沙星、阿米卡星的耐药性,并对其临床应用进行评价.方法 收集上海市肺科医院2008-2009年临床确诊的肺结核患者的痰标本培养阳性结核分枝杆菌89株.所有菌株按<结核病诊断实验室检验规程>进行分枝杆菌培养、菌种鉴定.另外10株已知药敏结果的结核分枝杆菌来自上海市肺科医院菌株库.利用焦磷酸测序技术,以10株已知药敏结果和经直接测序已知耐药基因突变情况的结核分枝杆菌为试验菌株,探索焦磷酸测序检测结核分枝杆菌rpoB、katG、gyrA、rrs耐药基因的最佳模式,并用该条件检测89株结核分枝杆菌临床分离株,检测结果与Bactec 960药敏法进行比较.结果 rpoB、gyrA基因检测宜采用焦磷酸测序序列分析模式,katG、rrs基因检测宜采用焦磷酸测序单核苷酸多态性模式.以Bactec 960药敏法测定结果为判断标准,则焦磷酸测序法检测89株结核分枝杆菌临床分离株对利福平、异烟肼、氧氟沙星、阿米卡星耐药性的敏感度分别为98.0%、64.1%、79.5%、78.3%,特异度分别为97.5%、100.0%、90.0%、100.0%,准确性分别为97.8%、77.5%、85.4%、94.4%,该法检测利福平、氧氟沙星、阿米卡星的检测结果与Bactec 960药敏检测结果一致性较好,Kappa值均≥0.7.结论 焦磷酸测序技术检测结核分枝杆菌对利福平、异烟肼、氧氟沙星、阿米卡星耐药性具有快速、准确、高通量的优点,是一种可对结核分枝杆菌多种药物耐药性进行快速检测的方法.

Abstract：

Objective To develop an assay to determine Mycobacterium tuberculosis resistance to rifampin, isoniazid, ofloxacin and amikacin by pyrosequencing and evaluate the value of this method in clinical application. Methods Eighty-nine clinical isolates of Mycobacterium tuberculosis from tuberculosis patients were collected from Shanghai Pulmonary Hospital during 2008 to 2009. All strains were isolated from decontaminated sputum, cultured on Lowenstein-Jensen media and identified by traditional biochemical tests with standard methods. Ten Mycobacterium tuberculosis were selected from the strain bank of Shanghai Pulmonary Hospital. The optimal conditions of detection of rpoB, katG, gyrA and rrs gene by pyroseuencing were determined, using the 10 Mycobacterium tuberculosis strains whose drug susceptibility of Bactec 960 and sequence of rpoB, katG, gyrA, rrs gene were known. Then the drug susceptibility of 89 Mycobacterium tuberculosis clinical isolate strains were detected by pyrosequencing using this conditions and the results were compared with that of the Bactec 960 methods. Results The pyrosequencing program of sequence analysis was suitable for the detection of the mutations of rpoB and gyrA genes, and the program of single nucleotide polymorphism was suitable for katG and rrs genes. Among the 89 Mycobacterium tuberculosis clinical isolates,when using the drug susceptibility of Bactec 960 as the standard, the sensitivity of rifampin, isoniazid,ofloxacin and amikacin is 98.0%, 64. 1%, 79.5%, 78. 3% respectively, the specificity is 97.5%,100. 0%, 90. 0%, 100. 0% respectively, the accuracy is 97.8%, 77. 5%, 85.4%, 94. 4% respectively,tested by pyrosequencing. The results of the detection of resistance to rifampin, isoniazid, ofloxacin and amikacin in Mycobacterium tuberculosis using pyrosequencing technique were almost the same with that of Bactec 960, and Kappa ≥0. 7 in each detection. Conclusion Pyrosequencing is thus a rapid, accurate and high throughput method for detecting Mycobacterium tuberculosis resistance to these four drugs.     

左氧氟沙星对结核分枝杆菌耐氧氟沙星临床分离株的抗菌活性分析

为了解左氧氟沙星对结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)耐氧氟沙星临床分离株的抗菌活性,我们对2008年1月至6月上海市肺科医院收治的肺结核患者痰MTB耐氧氟沙是星临床分离株行左氧氟沙星最低抑菌浓度(MIC)测定.现将结果报道分析如下.     

焦磷酸测序技术快速检测结核分枝杆菌对氧氟沙星的耐药性

随着耐药结核病患者的不断增加,氧氟沙星(Ofloxacin,OFLK)等氟喹诺酮类抗结核分枝杆菌MTB的药物被广泛应用,对OFLX的耐药呈上升趋势.早期检测OFLX的耐药性对临床用药具有指导作用.氟喹诺酮类药物主要作用靶位是菌体的DNA解旋酶,该酶由gyrA和gyrB基因分别编码的A和B亚基组成.     

应用微列阵技术快速鉴定常见致病性分枝杆菌

目的利用微列阵技术建立一种简便、快速、灵敏、特异的分枝杆菌菌种鉴定方法,为临床医师正确诊断提供依据。方法以DNA测序法为对照,通过微列阵技术分析20种分枝杆菌标准株及473株分枝杆菌临床分离株。结果微列阵技术分析20种分枝杆菌标准株,特异性为100％,在473株分枝杆菌临床分离株中,358株与分枝杆菌属探针和结核分枝杆菌（Mycobacterium tuberculosis,MTB）复合群探针杂交阳性,鉴定为MTB复合群。115株为非结核分枝杆菌（nontuberculosis myvobacterial,NTM）,其中47株为龟分枝杆菌龟亚种和脓肿亚种,32株为胞内分枝杆菌,15株为鸟分枝杆菌,11株为堪萨斯分枝杆菌,4株为偶然分枝杆菌,2株为戈登分枝杆菌,2株为土分枝杆菌,2株只与分枝杆菌属探针杂交,经测序显示1株为副瘰疬分枝杆菌,1株为莫娜分枝杆菌,芯片上无鉴定这2个菌种的探针。结论做列阵技术是一种能准确、高效鉴定分枝杆菌菌种的分子诊断技术,对临床快速、特异诊断结核病具有重要意义。     

PFNA治疗股骨转子周围粉碎性骨折的临床应用

股骨转子周围的骨折指发生在粗隆部位至股骨干狭窄部之间的骨折,包括股骨粗隆间骨折和股骨粗隆下骨折两大部分骨折类型。股骨转子周围的骨折为临床多见的骨折,主要发生在老年人,     

上海出现PER-1型超广谱β内酰胺酶

目的 分析多重耐药鲍曼不动杆菌148号试验菌株耐β内酰胺抗生素的原因及耐药性的转移能力。方法 用等电聚焦电泳试验和三相水解试验分析148号试验菌株所产β内酰胺酶，并进行初步分类，再用聚合酶链反应(PCR)扩增和PCR产物测序方法确认β内酰胺酶基因。结果 148号试验菌株产超广谱β内酰胺酶(ESBLs)，经分子生物学方法证实有blaPER—1基因，同时还有aacA4基因。结论 148号试验菌株耐β内酰胺抗生素的原因，可能是产生了可转移的PER—1型ESBLs，blaPER—1基因位于质粒上。