Iα1基因hs1,2 区B等位基因与IgA肾病的易感性相关

［摘要］ 目的：研究Iα1 hs1,2 VNTR多态性与我国IgA肾病的相关关系。 方法： 采集419例肾活检证实的IgA肾病患者及其一级亲属、条件相当的201例健康志愿者血样，提取基因组DNA。用PCR产物直接电泳法鉴定Iα1 hs1,2 VNTR基因型，采用以家庭为基础的传递/不平衡分析（TDT）和单倍型相对危险度（HRR），以及病例-对照研究分析Iα1 hs1,2 VNTR多态性与我国IgA肾病的相关关系。 结果： ① TDT分析结果显示Iα1 hs1,2 VNTR B等位基因从杂合子父母向患者传递的频率显著高于预期值(101 Trios, χ2=6.818, P＜0.01，扩展TDT分析也得到相同结果(164家庭, χ2=7.583, P＜0.01)。②与TDT结果一致，HRR分析同样显示Iα1 hs1,2 VNTR B等位基因的过度传递 (P＜0.05, χ2=4.122, HRR=1.180)， 而BB基因型具有更强的患病倾向 (P＜0.05, χ2=4.411, OR=1.538)。③病例-对照研究显示IgA肾病组B 等位基因频率显著高于正常对照组(χ2=6.968, P＜0.05)。 结论： Iα1 hs1,2 VNTR基因多态性与我国IgA肾病患者的易感性相关。     

我国汉族正常人群CD89基因5'调控区及非转录区SNP多态性分布特征及其与日本人群的比较

目的我国汉族人群FcαR1基因5＇-UTR区3个SNPs多态性颁的特征及将其与日本人群进行比较。方法提取368例正常广东汉族人基因组，DNA扩增FcαR1基因5＇-UTR相关区域并直接测序鉴定基因型。结果①我国汉族人群FcαR1基因5＇-UTR区3个SNPs多态性：-114位点TT基因型最常见（52．7％），CC基因型分布最少（7．3％），-27位点TT（85．1），CC（1．4％），＋56位点TC基因型 最常见（51．4％），CC基因型分布最少（12．0％）；②等住基因分布频率：-114位点T（72．7％）、C（27．3％）：＋56位点T（62．4％）、C（37．6％）及-27位点T（91．8％）、C（8、2％）；③主要单倍型：TTT（61．9％）、CTC（27．2％）和TCC（7．9％）。结论与日本人群比较，我国汉族人群FcαR1基因5＇-UTR区-114T／C及＋56T／C无论是基因型，还是等位基因频率分布，差异均无显著性。     

我国汉族人群α1基因数目可变串联重复序列分布特征的研究

目的：研究我国汉族人群免疫球蛋白α1基因中3个数目可变串联重复序列(VNTR)多态性分布特征，及其与已报道的高加索人群相比较的特点。 方法: 从现存数据库中寻找α1基因内的3个VNTR位点，即α1基因3’端的hs1,2增强子内的VNTR1、其上游6 Kb 的VNTR2和位于α1基因第5外显子的E5VNTR。 提取201例广东汉族人基因组DNA，PCR分别扩增含上述3个VNTR位点片段，2%－3％凝胶电泳分带鉴定基因型，并以测序证实。 结果: 与高加索人群比较我国汉族人群α1基因 VNTR1多态性分布特征表现为：C（3次重复）等位基因频率明显升高（10.0% vs 1.0%）， A（1次重复）等位基因频率偏低（30.3% vs 36.1%-39.4%）, 差异显著（χ2=72.85，P＜0.01）。 基因型BB占37.8％， AB占32.3％，AA占12％，BC占11.4％, AC占4.5％, CC占2.0％， BC、AC基因型分布频率显著高于高加索人群，而AB型分布频率显著低于高加索人群（χ2=73.77，P＜0.01）。另外两个数据库中报道的VNTR位点（VNTR 2及E5VNTR）在我们所测人群中呈均一分布,PCR产物长度分别为136 bp(VNTR 2)和535 bp(E5VNTR)。 结论: 我国汉族人群α1基因 VNTR多态性分布与基因组数据库中基于高加索人群的资料不尽相同，其中Iα1 hs1,2 VNTR1多态性不同于高加索人群，突出表现为C等位基因频率及BC、AC基因型频率显著高于高加索人群。而VNTR2和E5VNTR在被检人群中未见多态性。本研究弥补了现存数据库中缺乏我国汉族人群相应数据的不足, 同时为以α1基因为候选基因找寻疾病基因的研究提供了可靠的数据。     

EXT2基因突变引起的多发性骨软骨瘤的遗传学及表型分析

目的: 对2个多发性骨软骨瘤(multiple exostoses)小家系中的先证者进行致病基因 EXT1 和 EXT2 编码序列的突变检测,寻找致病性突变。 方法: 应用PCR扩增 EXT1 和 EXT2 基因的编码区及外显子-内含子交界区,对产物进行直接测序。在50个正常对照中进行新发现突变位点的PCR测序分析,以排除多态性。结果: 家系1的先证者检测到1个 EXT2 基因的已知突变c.668G>C(p.Arg223Pro),该错义突变使精氨酸变成脯氨酸;家系2的先证者于 EXT2 基因中检测到1个国际数据库中尚未报道的新突变c.950delT(p.Phe317SerfsX15),患者父母均未检测到此突变,故此突变为一个de novo突变。该突变引起开放阅读框架移位,提前引入终止密码子,导致蛋白质分子的截断,即部分exostosin结构域和全部glyco-transf-64结构域的丢失。结论: 本文发现的 EXT2 基因的新生及已知突变是引起本研究中多发性骨软骨瘤患者发病的分子机制,可用于临床的分子诊断。     

中国汉族人群TGFβ1基因-509C/T多态性及其IgA肾病的病例对照研究

[目的]探讨转化生长因子β1(TGFβ1)基因-509C/T多态性与中国汉族人群IgA肾病的相关关系.[方法]PCR-RFLP鉴定基因型,采用病例-对照与临床病理资料分析的方法,并行病例追踪随访.[结果]①387例IgA肾病病人的3种基因型与203例正常人对照组相比,分布频率无统计学意义,P＞0.05.②临床资料显示:年龄、性别、血压、血尿、蛋白尿、血清IgA水平等临床指标中任何基因型的分布频率无统计学意义,P＞0.05.③病理资料显示:CC基因型在肾小球中重度系膜增生病人中有较高的出现频率,而TT基因型相应明显减少,P＜0.01;CC基因型在肾小球硬化组的分布频率显著增加,P＜0.05.④进一步的病例追踪随访显示:CC基因型和C等位基因的IgA肾病病人尿蛋白好转率明显低于其它基因型,P＜0.05.[结论]中国汉族人群中,TGFβ1基因-509C/T多态性可能与较重的肾损害、肾小球硬化、尿蛋白转归相关;但和IgA肾病的遗传易感性不相关.     

遗传性多发性骨软骨瘤致病基因EXT1和EXT2的多态性研究

 【目的】研究EXT1与EXT2基因在我国南方正常人及致病性突变已明确的遗传性多发性骨软骨瘤病人中的多态性。【方法】 选取50例中国南方健康汉族个体及13例致病突变已明确的遗传性多发性骨软骨瘤病人,提取基因组DNA,对包含5’UTR区、编码区、外显子-内含子交界区及3’UTR区的PCR产物进行直接测序。 鉴定基因内的遗传变异,并将结果和国际数据库中的数据进行对比。【结果】 在所有研究对象中共发现15个不同的EXT1基因的单核苷酸多态性(SNPs)：3个在编码区,为同义突变,11个在内含子区,1个在3’UTR区;其中有3个SNPs为数据库未报道的新发现多态位点。22个EXT2基因的SNPs：3个在编码区,也为同义突变,16个在内含子区,3个在3’UTR区;其中有7个SNPs为本研究新发现多态位点。【结论】 中国南方汉族人与遗传性多发性骨软骨瘤病人EXT1和EXT2基因的多态性与dbSNP数据库登记资料不完全一致,某些SNPs可能存在种族差异。本研究不仅有利于了解EXT1和EXT2基因结构,也为其多态性与致病性突变的鉴定提供了依据。     

一例火棉胶婴儿TGM1基因新的复合杂合性突变鉴定

目的 鉴定1例火棉胶婴儿转谷氨酰胺酶1基因(transglutaminase 1,TGM1)的致病性突变.方法 提取患儿及其父母的外周血DNA,PCR扩增TGM1基因的编码及剪切位点序列,对PCR产物进行直接测序.同时检测100名无血缘关系的正常人作为对照.用TGM1邻近的微卫星标记在家系中构建单倍型以确定突变的来源.应用CLUSTAL X(1.81)软件分析突变氨基酸的跨种属保守性.结果 患儿携带了TGM1的两个复合杂合性突变:c.420A＞G (I140M)及c.832G＞A (G278R),均为国际上未报道过的新突变.两个错义突变均造成了TGM1蛋白内高度保守区的氨基酸置换.突变c.420A＞G (I140M)遗传自父亲,位于蛋白的转谷氨酰胺酶N功能域;突变c.832G＞A (G278R)遗传自母亲,位于野生蛋白的转谷氨酰胺酶N功能域和转谷氨酰胺酶样功能域之间.两个突变在100名无血缘关系的正常人中均未发现.结论 c.420A＞G (I140M)和c.832G＞A (G278R)复合杂合性突变为该患儿的致病性突变,本研究结果为该病的诊断提供了分子学依据.     

中国南方汉族IgA肾病患者FcαR1基因T56C多态性与肾脏病理损害的关系

目的研究中国南方汉族IgA肾病（IgAN）患者FcαR1基因T56C多态性与肾脏病理损害的关系。方法采集226例肾活检证实的IgAN患者血样,提取基因组DNA。用PCR产物直接测序法鉴定基因型,对肾脏小球指数、间质指数、血管指数及间质纤维评分并检验比较不同基因型组别各积分组的分布频率。结果56位点CC基因型患者小球指数（χ^2=30.34,P=0.016）、间质指数（χ^2=50.45,P〈0.001）及血管指数（χ^2=14.47,P=0.025）均趋更严重损害,间质纤维增生更明显（χ^2=18.36,P=0.005）。结论FcαR1基因第一外显子C56T多态位点基因型与中国南方IgAN患者肾脏病理损伤程度相关。     

正常汉族人群FcαR1基因结构研究

目的：构建我国汉族人群FcαR1 基因单倍型及单倍型域。方法：提取100例正常广东汉族人基因组，分段扩增FcαR1基因并直接测序鉴定SNP基因型。选取MAF>0.10的SNP构建单倍型及单倍型域。结果：汉族人群FcαR1基因共有3个单倍型域，每个单倍型域中包含的单倍型数3至7个，平均为5.33个，单倍型域中常见单倍型数2至3个，平均2.3个。结论：FcαR1 基因存在单倍型及单倍型域，本研究结果将为进一步以该基因为候选基因进行疾病基因定位奠定基础。     

FcαR1基因 5''端调控及UTR区SNPs及其单倍型与华南地区汉族IgA肾病患者预后关系

目的 研究我国南方汉族IgA 肾病患者FcαR1基因5'端调控及UTR区SNPs及其单倍型与我国南方IgA肾病患者预后的关系.方法 采集266例肾活检证实的IgA肾病患者血样,提取基因组DNA.用PCR产物直接测序法鉴定基因型,每3～6个月查尿蛋白、血肌酐及其他指标随访,以血肌酐浓度比基础值升高1倍以上或死亡作为随访终点.采用单因素相关分析及Logistic多元回归分析各位点多态性及其单倍型与肾功能恶化及预后的关系.结果 (1)该区域单倍型对及-27、56位点多态性与肾功能进展显著相关;(2) -27位点基因型TC与TT比较差异显著(P=0.003); 56位点基因型CC与TT比较,P=0.011;单倍型对TCC/CTC与TTT/TTT比较,P=0.000.结论 FcαR1基因第一外显子C56T多态位点基因型与我国南方IgAN患者预后相关.