青藏高原藏羚羊粪便携带小双节RNA病毒调查分析的研究

目的 调查小双节RNA病毒(Picobirnavirus,PBV)在藏羚羊粪便中的携带情况,并对序列进行分析。方法 提取160份藏羚羊粪便样品总RNA,利用转录组测序得到藏羚羊PBV序列,并且采用巢式RT-PCR验证大于1 500 nt接近全长的序列。基于藏羚羊PBV的 RNA依赖性RNA聚合酶(RNA-dependent RNA polymerase, RdRp)氨基酸序列构建系统进化树;提取藏羚羊PBV起始密码子上游20个核苷酸,分析核糖体结合位点(ribosomal binding site,RBS)在5'非编码区(5'untranslated region, 5'UTR)的分布情况。结果 转录组测序结合巢式RT-PCR得到7份藏羚羊粪便携带分节段(8条segment 1和13条segment 2)和不分节段PBV(1条不分节段的PBV)。14条藏羚羊PBV RdRp核苷酸和氨基酸序列一致性为25.4%~97.7%和16.4%~98.2%。系统发育分析表明14条藏羚羊PBV序列处于分散分布,其中11条序列分散在基因I群(genogroup I,GI),3条分散在基因II群(genogroup I,GII),它们与亲缘关系最近的物种核苷酸和氨基酸序列一致性分别为52.3%~76.4%和50.9%~79.5%;藏羚羊与旱獭不分节段PBV分布于GII中,核苷酸序列一致性为47.6%,氨基酸序列一致性为45.8%。经比对发现有13条藏羚羊PBV的5'UTR存在RBS。结论 藏羚羊是PBV潜在宿主之一, 藏羚羊PBV序列具有高度遗传多样性。     

青藏高原牦牛携带屎肠球菌及其毒力基因和耐药性检测

目的 了解青藏高原牦牛携带屎肠球菌(Enterococcus faecium)情况,以及耐药性和毒力基因。方法 使用链球菌培养基分离细菌;使用生化反应和16s rDNA序列分析方法鉴定;采用PCR方法检测从牦牛粪便中分离的屎肠球菌携带细胞溶血素(cytolysin,cylA)、明胶酶E(gelatinase, gelE)、表面蛋白(enterococcal surface protein, esp)、胶质蛋白粘附素collagen-binding-adhesin of Enterococcal faecium,acm)、聚集物质(aggregation substance, asa1)及透明质酸酶(hyalronidase,hyl)6种毒力基因的情况;应用K-B纸片法对屎肠球菌分离株进行16种抗生素的敏感性分析;参照PulseNet 脉冲场凝胶电泳(Pulsed-field gel electrophoresis, PFGE)实验方法对屎肠球菌分离株进行PFGE分型分析。结果 我们从320份牦牛粪便分离到33株屎肠球菌。这些菌株中毒力基因asa1的阳性率最高,为6.1%,acm和hyl次之,均为3.0%,其他毒力基因皆未检出。33株牦牛屎肠球菌中,有19株菌株具有抗生素耐药性,包括4株多重耐药菌株和15株单耐菌株。牦牛屎肠球菌对利福平耐药率最高,为48.5%;对其他抗生素的耐药率从高到低依次为青霉素G15.2%、四环素12.1%、强力霉素12.1%、红霉素9.1%、环丙沙星6.1%、氨苄西林6.1%、高浓度庆大霉素6.1%、磷霉素6.1%、左氧氟沙星6.1%。所有菌株对万古霉素、替拉考宁和氯霉素均敏感。细菌染色体DNA酶切片段的PFGE分析发现,33株屎肠球菌分离株共产生30种PFGE带型,可分为A-H 8个聚类群,耐药菌株分布在6个聚类群中。结论 青藏高原牦牛携带屎肠球菌,呈现高度遗传多态性,部分菌株携带毒力基因,对多种抗生素耐药。研究提示,屎肠球菌可能会通过牦牛相关食品传播。     

dndC基因在脉冲场凝胶电泳基因组降解中的作用及降解处理方法

  目的  了解大肠埃希菌和弗格森埃希菌dndC基因的携带情况,以及该基因与脉冲场凝胶电泳（PFGE）基因组降解表型之间的关系,探讨PFGE中菌株基因组降解的原因及处理方法。  方法  使用PFGE对450株大肠埃希菌和弗格森埃希菌进行分析,设计引物检测dndC基因的携带情况并进行序列测定。 通过dndC基因序列比对和进化树的构建,获得dndC基因型别以及其在不同型别大肠埃希菌中的分布。 通过添加硫脲和消毒电泳仪研究基因组降解的处理方法。  结果  450株大肠埃希菌和弗格森埃希菌中,降解的菌株为40株（8.89%）。 dndC基因阳性菌株33株（7.33%）,均出现了降解。 大肠埃希菌携带的dndC基因可分为8个群。 不同型别大肠埃希菌中均存在dndC基因阳性菌株,且阳性率存在差异。 添加硫脲可以有效缓解PFGE分析中dndC基因导致的降解,电泳仪消毒可以缓解全胶降解的情况。  结论  dndC基因会导致大肠埃希菌和弗格森埃希菌PFGE分析中基因组降解,添加硫脲可以缓解此降解。     

比较不同长度及表面修饰的多壁碳纳米管的细胞毒性和遗传毒性

目的:比较不同长度和表面修饰的多壁碳纳米管(multi-walled carbon nanotubes,MWCNTs)对人肺泡Ⅱ型上皮细胞(A549细胞)的细胞毒性和遗传毒性的影响。方法:选取长(515μm)、短(350700 nm)两种不同长度的MWCNTs,及羧基(carboxyl,COOH-)、氨基(amino,NH2-)和牛磺酸(taurine,Tau-)3种不同表面修饰的MWCNTs分别进行实验研究,其中短的MWCNTs作为未修饰的MWCNTs(Pristine-MWCNTs)与表面修饰的MWCNTs进行比较。细胞毒性实验采用cell counting kit-8(CCK-8)法,染毒浓度为2、8、32 mg/L,染毒时间分别为12、24、36、48 h;遗传毒性采用单细胞凝胶电泳实验检测DNA链断裂,染毒剂量为8 mg/L,染毒时间24 h。结果:两种长度的MWCNTs在所观察的1248 h染毒时间内,均表现出剂量依赖的细胞毒性;其中在2448 h处理时间组,MWCNTs的细胞毒性随长度增加而增大。经过表面修饰的3种MWCNTs与未修饰的MWCNTs相比,表面修饰过的MWCNTs在染毒时间12 h、染毒浓度为32 mg/L时相对细胞活性:COOH-MWCNTs为(86.55±1.80)%、NH2-MWCNTs为(84.67±1.32)%、Tau-MWCNTs为(80.15±3.53)%,均高于未修饰MWCNTs的细胞活性(71.44±5.58)%,差异具有统计学意义(P<0.05);在染毒时间24 h、染毒浓度为8 mg/L时修饰过的MWCNTs相对细胞活性:COOH-MWCNTs为(96.74±1.00)%、NH2-MWCNTs为(96.74±3.35)%、Tau-MWCNTs为(106.39±3.83)%,均高于未修饰MWCNTs的细胞活性(91.02±2.53)%,差异具有统计学意义(P<0.05);在染毒时间24 h、染毒浓度为32 mg/L时修饰过的MWCNTs相对细胞活性:COOH-MWCNTs为(80.88±2.67)%、NH2-MWCNTs为(82.90±3.25)%、Tau-MWCNTs为(82.55±3.32)%,均高于未修饰MWCNTs的细胞活性(76.08±4.27)%,差异具有统计学意义(P<0.05);在染毒时间36 h、染毒浓度为8 mg/L时修饰过的MWCNTs相对细胞活性:COOH-MWCNTs为(96.87±1.05)%、NH2-MWCNTs为(96.66±4.76)%、Tau-MWCNTs为(100.23±2.84)%,均高于未修饰MWCNTs的细胞活性(89.61±3.78)%,差异具有统计学意义(P<0.05)。在其他观察时间和染毒浓度下,经过表面修饰的MWCNTs与未修饰MWCNTs的细胞活性相比,差异无统计学意义(P>0.05)。经过表面修饰的3种MWCNTs DNA链断裂损伤情况:Olive尾距COOH-MWCNTs为1.56±0.22、NH2-MWCNTs为2.25±1.62、Tau-MWCNTs为2.23±0.94,尾部DNA含量COOH-MWCNTs为(3.96±0.60)%、NH2-MWCNTs为(6.16±4.68)%、Tau-MWCNTs为(6.05±2.31)%,均在不同程度上低于未修饰的MWCNTs[Olive尾距为3.00±0.64,尾部DNA含量为(8.23±2.27)%],差异具有统计学意义(P<0.05),其中COOH-MWCNTs所致DNA链断裂损伤最小。结论:上述材料在所观察时间和染毒剂量下,均引起了A549细胞不同程度的细胞毒性和DNA链断裂,相同染毒浓度下,不同长度的MWCNTs所致细胞毒性及DNA链断裂程度有所差别;表面修饰可在一定程度上降低MWCNTs对A549细胞的细胞毒性和DNA链断裂损伤。     

比较不同长度及表面修饰的多壁碳纳米管的细胞毒性和遗传毒性

目的：比较不同长度和表面修饰的多壁碳纳米管（multi-walled carbon nanotubes,MWCNTs）对人肺泡Ⅱ型上皮细胞（A549细胞）的细胞毒性和遗传毒性的影响。方法：选取长（5~15 μm）、短（350~700 nm）两种不同长度的MWCNTs,及羧基（carboxyl,COOH-）、氨基（amino,NH_2-）和牛磺酸（taurine,Tau-）3种不同表面修饰的MWCNTs分别进行实验研究,其中短的MWCNTs作为未修饰的MWCNTs（Pristine-MWCNTs）与表面修饰的MWCNTs进行比较。细胞毒性实验采用cell counting kit-8（CCK-8）法,染毒浓度为 2、8、32 mg/L,染毒时间分别为12、24、36、48 h;遗传毒性采用单细胞凝胶电泳实验检测DNA链断裂,染毒剂量为8 mg/L,染毒时间24 h。结果：两种长度的MWCNTs在所观察的12~48 h染毒时间内,均表现出剂量依赖的细胞毒性;其中在24~48 h处理时间组,MWCNTs的细胞毒性随长度增加而增大。经过表面修饰的3种MWCNTs与未修饰的MWCNTs相比,表面修饰过的MWCNTs在染毒时间12 h、染毒浓度为32 mg/L时相对细胞活性：COOH-MWCNTs为（86.55±1.80）%、NH_2-MWCNTs 为（84.67±1.32）%、Tau-MWCNTs为（80.15±3.53）%,均高于未修饰MWCNTs的细胞活性（71.44±5.58）%,差异具有统计学意义（P＜0.05）;在染毒时间24 h、染毒浓度为8 mg/L时修饰过的MWCNTs相对细胞活性：COOH MWCNTs 为（96.74±1.00）%、NH_2-MWCNTs为（96.74±3.35）%、Tau-MWCNTs为（106.39±3.83）%,均高于未修饰MWCNTs的细胞活性（91.02±2.53）%,差异具有统计学意义（P＜0.05）;在染毒时间24 h、染毒浓度为32 mg/L时修饰过的MWCNTs相对细胞活性：COOH-MWCNTs为（80.88±2.67）%、NH_2-MWCNTs 为(82.90±3.25)%、Tau-MWCNTs为 (82.55±3.32）%,均高于未修饰MWCNTs的细胞活性（76.08±4.27）%,差异具有统计学意义（P＜0.05）;在染毒时间36 h、染毒浓度为8 mg/L时修饰过的MWCNTs相对细胞活性：COOH-MWCNTs为（96.87±1.05）%、NH_2-MWCNTs为（96.66±4.76）%、Tau-MWCNTs为（100.23±2.84）%,均高于未修饰MWCNTs的细胞活性（89.61±3.78）%,差异具有统计学意义（P＜0.05）。在其他观察时间和染毒浓度下,经过表面修饰的MWCNTs与未修饰MWCNTs的细胞活性相比,差异无统计学意义（P＞0.05）。经过表面修饰的3种MWCNTs DNA链断裂损伤情况：Olive尾距COOH-MWCNTs为1.56±0.22、NH_2-MWCNTs为2.25±1.62、Tau-MWCNTs为2.23±0.94,尾部DNA含量COOH-MWCNTs为（3.96±0.60）%、NH_2-MWCNTs为（6.16±4.68）%、Tau-MWCNTs为（6.05±2.31）%,均在不同程度上低于未修饰的MWCNTs［Olive尾距为3.00±0.64,尾部DNA含量为（8.23±2.27）%］,差异具有统计学意义（P＜0.05）,其中COOH-MWCNTs所致DNA链断裂损伤最小。结论：上述材料在所观察时间和染毒剂量下,均引起了A549细胞不同程度的细胞毒性和DNA链断裂,相同染毒浓度下,不同长度的MWCNTs所致细胞毒性及DNA 链断裂程度有所差别;表面修饰可在一定程度上降低MWCNTs对A549细胞的细胞毒性和DNA链断裂损伤。     

喜马拉雅旱獭源鹑鸡肠球菌的分离及其耐药性检测

目的 了解青藏高原喜马拉雅旱獭携带院内感染病原菌鹑鸡肠球菌情况,并检测其对临床常用抗菌药物的耐药性。方法 选择性培养基、革兰染色、生化反应和16S rRNA基因序列分析方法对细菌进行分离和鉴定;K-B纸片法检测菌株对15种抗菌药物的耐药情况,并应用PCR方法检测毒力基因和耐药基因。结果 79份喜马拉雅旱獭肠道样本中共分离到3株鹑鸡肠球菌,其中1株对利福平中介,3株均对奎奴普丁中介,对其他被检抗菌药物均敏感;未检测到常见肠球菌毒力基因(asa1、esp、hyl、gelE和cylA)和相关耐药基因。结论 首次在青藏高原旱獭粪便中分离到鹑鸡肠球菌,常见的毒力基因检测阴性,对常见抗菌药物敏感。     

儿童脑膜炎大肠埃希菌毒力基因ibeC的分布研究

目的 对GenBank的1620株大肠埃希菌基因组中儿童脑膜炎大肠埃希菌毒力基因ibeC的分布进行研究. 方法 下载GenBank现存并公开释放的1620株大肠埃希菌基因组数据,构建数据库,通过序列比对程序BLAST查找分析各菌株携带ibeC情况,使用Clustal X1.83软件对大肠埃希菌代表菌株的ibeC基因序列进行多序列比对.同时应用多位点序列分型方法(multi locus sequence typing, MLST)对1620株大肠埃希菌菌株的分布特点进行分析.用BioNumerics V4.0软件,对342株不同来源、不同致病性代表菌株及MLST数据库中已经明确分群的72株大肠埃希菌菌株的不同ST型别构建最小生成树,分析菌株之间的种群结构. 结果 1620株大肠埃希菌基因组中全部携带ibeC基因,ibeC序列平均相似值为98.21%,MLST将1620株大肠埃希菌菌株分成261个已知ST型,ECOR菌株共有49个ST型别,菌株ST型别与菌株来源关联性不强,不同来源、不同致病型别的菌株分布在不同家系. 结论 ibeC基因广泛分布在各类大肠埃希菌中,脑膜炎相关大肠埃希菌与其他致病型大肠埃希菌所携带ibeC基因差异微小,菌株MLST聚类分析显示所有菌株分布广泛,来源复杂,进一步说明ibeC基因非常保守.