非小细胞肺癌的DNA表达谱(英文)

作为新一代基因诊断技术,DNA芯片已广泛应用于肺癌分子分类、基因表达和分子通路的病理变异分析、预后及转移监测、个体化治疗和药物开发等.基于技术差异、不同患者人群和生物多样性等因素,目前DNA芯片发展的主要障碍为缺乏机械性、可靠性和可重复性.冀望借着更好的标准化和分析手段,利用高维数据分析方法来减少噪音,未来DNA芯片技术或能实际应用于肺癌的个体化诊疗.     

红霉素致小鼠肝脏毒性效应的基因表达谱变化

目的 利用小鼠毒理基因芯片观察红霉素致balb/c小鼠肝脏毒性效应的基因表达谱变化.方法 建立红霉素致balb/c小鼠肝毒性效应模型,利用本室构建的小鼠毒理基因芯片检测1、3、7d小鼠肝脏基因表达谱变化,结合层次聚类和生物信息数据库检索对差异表达基因进行初步信息分析.结果 各时相组共发现239个差异表达基因,其基本表达模式分为4群,结合功能分析涉及脂肪分解代谢、蛋白质合成与降解、氧化应激、炎症发生、凋亡相关信号转导等多方面机制.结论 毒理芯片的检测展示了红霉素致肝脏毒性效应的基因表达谱变化基本轮廓,为进一步阐明其肝毒性机制提供了众多线索.     

环磷酰胺和异环磷酰胺Balb/c小鼠肝脏毒性的基因表达谱

目的利用毒理基因芯片技术研究环磷酰胺和异环磷酰胺肝脏毒性效应的分子机制。方法利用构建的小鼠毒理基因芯片和环磷酰胺及异环磷酰胺致Balb/c小鼠肝毒性动物模型,观察不同时相点小鼠肝脏基因表达谱变化,结合层次聚类和生物信息数据库检索对差异表达基因进行初步功能分析。结果两种药物作用后引发小鼠肝脏多种基因表达改变,分析发现类似的表达谱变化趋势如蛋白质生物合成相关基因上调,抗氧化相关基因失衡,免疫调节、细胞增殖及凋亡相关基因异常改变等均存在于两种药物组,提示两种药物存在多种共同的肝毒性效应机制。结论环磷酰胺和异环磷酰胺有共同的肝脏毒性分子机制。     

四环素致BALB/c小鼠肝脏毒性的基因表达谱研究

目的利用毒理基因芯片技术研究四环素肝脏毒性效应的分子机制.方法利用本室构建的小鼠毒理基因芯片和四环素致BALB/c小鼠肝毒性动物模型,观察不同剂量和时相点小鼠肝脏基因表达谱变化,利用Gene OntologyConsortium分析系统并结合层次聚类对差异表达基因进行初步功能分析.结果四环素作用后引发肝脏多种基因表达改变,聚类分析发现高、低剂量四环素作用的表达谱明显差异,高剂量各时相点差异基因聚类分为4类,涉及的分子机制包括能量代谢抑制,蛋白质合成和降解增加,抗氧化体系受损,信号转导基因表达改变促进凋亡发生,以及药物代谢相关酶系基因抑制等.结论毒理基因芯片技术能够为我们在分子水平上提供四环素对小鼠肝脏毒性损伤机制的众多线索,为进一步生物学效应研究奠定基础.     

神经网络方法在5,7,8位取代的喹诺酮类化合物定量构效关系中的应用

目的探讨神经网络方法应用于5，7，8位取代的喹诺酮类化合物定量构效关系研究的效果。方法利用Matlab软件包构建一个三层的BP神经网络，对数据集进行计算，并将结果与线性回归进行比较。结果神经网络法的误差平方和为0．3042，小于线性回归法，预测的相关系数为0．86。结论神经网络方法获得了比回归模型更精密的拟合。     

广藿香生药、化学及药理学的研究进展

广藿香P og ostem on cablin别名刺蕊草、藿香,以干燥地上部分入药,是著名“南药”之一,为临床上常用的芳香化湿药,具有芳香化湿、和中止呕、发表解暑的功能。近年来对广藿香进行了包括品种鉴定、化学成分、药理作用和组织培养等方面的广泛研究,阐明了广藿香的性状和显微特征,分析了影响其化学成分和量的各种因素,并对广藿香调节胃肠道功能和抗菌的药理作用进行了重点归纳。这些研究均为进一步探讨广藿香的品质评价标准、揭示其化学成分与药理作用的相关性提供了理论基础。     

补中益气汤的LC-MS分析及其对免疫抑制小鼠的调节作用

目的研究补中益气汤的主要化学成分及其对环磷酰胺免疫抑制小鼠的调节作用。方法采用LC-MS方法对补中益气汤进行了液相和质谱分析,通过MTT法测定补中益气汤对环磷酰胺免疫抑制小鼠的T、B淋巴细胞增殖和NK细胞活性的影响。结果补中益气汤中主要化学成分是多糖、黄酮类和皂苷类化合物,能够显著提高环磷酰胺免疫抑制小鼠的T、B淋巴细胞增殖能力和NK细胞活性。结论LC-MS方法可以发展成为复方有效成分研究中一个有效手段,用来阐明复方药理作用的物质基础。     

基因表达聚类结果的信息熵评价方法

目的探讨基因表达数据聚类结果信息熵评价方法,为合理地选择聚类方法提供一种定量评价依据.方法采用entropy信息熵方法,考察常用的六种聚类方法所得到的分类结果与部分已知功能基因分类之间的符合程度,并将该指标作为一种评价依据.结果将该方法应用于Lyer的血清刺激表达数据集聚类结果的评价,给出了六种聚类方法的entropy图.结论本研究首次提出用熵理论评价聚类结果,并观察到同一数据集由于功能聚类信息的不同而引起的评价结果的差异.并且结果显示SOM和模糊聚类算法对分析处理Lyer的血清刺激的基因表达数据更为合理.     

小鼠视神经发育损伤相关基因的凝聚性分层聚类分析

目的对前期工作中采用高密度基因芯片技术筛选到的视神经发育、损伤相关基因进行聚类分析,以了解这些基因之间的相互联系,并根据已知功能和CNS轴突生长、导向相关的基因对部分未知功能基因进行功能预测.方法用Gene Cluster软件对筛选到的视神经发育、损伤相关基因进行凝聚性分层聚类,并对已知功能和CNS轴突生长、导向相关的Ptn、Efnb3所在的小组进行进一步的分析.结果 1 033个符合聚类条件的基因根据聚类的树型图分成6类,其中B类基因的表达模式和小鼠外侧膝状体的发育过程非常类似,它们可能是视神经发育的关键基因;5个功能完全未知的基因Mm.28443、Mm.9671、Mm.25504、Mm.160640、Mm.182895和Ptn基因聚类在同一个小组中,它们和Ptn基因的相关性非常高,Pearson相关系数为0.979～0.996,这些基因我们暂时作为神经轴突生长、导向相关的候选基因;Lamr1基因和Efnb3基因的相似性很高,结合文献,推测Lamr1及其配体是视神经发育的重要轴突导向分子.结论新的轴突导向因子的发现能为基因工程治疗CNS损伤提供潜在的靶基因.     

基因芯片表达数据的标准化策略研究

目的　从统计学、数学和生物信息学相结合的角度 ,探讨针对不同密度基因芯片 (microarray ,genechip)如何进行数据标准化处理与分析 ,寻找表达上有显著性差别的基因。方法　在Excel和Spss软件中 ,采用总强度标准化法 (totalintensitynormalization ,TIN )和局部加权线性回归标准化法 (locallyweightedlinearregressionnormalization ,LWLRN)对高低密度芯片数据进行分析处理。结果　这些方法能有效地减少系统误差产生的影响 ,使处理后的数据更加具有可比性和可靠性。结论　本研究提供的分析方法在减少系统误差基础上能较好地找出芯片上有显著性差异表达的基因 ,不过标准化方法还处于起步和发展的阶段 ,需进一步完善 ;但随着非线性技术的不断完善 ,计算机软硬件的快速发展 ,芯片海量数据分析处理方面的研究将得到新的突破