生物信息学教学中学生创新能力培养探讨

生物信息学是一门新兴的交叉学科,其理论和方法不断更新,有助于培养学生的创新能力.结合生物信息学教学实践,从教学团队、教学内容、学生主体作用、实践教学、考核方式等方面,对学生创新能力的培养进行了探索.     

基于K近邻的蛋白质功能的预测方法

蛋白质功能预测是后基因组时代研究的重要问题之一.利用蛋白质相互作用网络,提出了一种基于K近邻的蛋白质功能的注释方法,该方法首先计算待注释的蛋白质与所有已知功能的蛋白质间的注释环境相似度,选择其中最相似的K个蛋白质,将该K个蛋白质的功能注释进行加权平均,作为待注释的蛋白质最终的功能注释.在构建的芽殖酵母的两组大规模相互作用数据集上的测试表明,该方法能够有效的对蛋白质功能进行预测,在蛋白质功能预测性能上优于现有的一些方法.     

医学院校生物信息学实践教学初探

生物信息学是一门新兴的交叉学科,在生命科学研究的诸多方面发挥着重要的作用,掌握生物信息学的基本理论和方法对医学院学生具有重要的意义.针对医学院校生物信息学教学现状,分析了生物信息学实践课的重要性和教学中存在的问题,对具体的教学实施进行了初步探讨,为生物信息学课程教学提供了参考.     

2型猪链球菌89K致病岛进化途径分析

目的分析2型猪链球菌89K致病岛的结构特征,探索其进化历程。方法通过BLAST比对,获取89K致病岛的同源序列,构建其同源序列数据库;分析89K致病岛的碱基组成特征,寻找重组热点区域,并对89K进行分区;对各ORF进行功能预测,划分功能模块;对89K致病岛与其同源序列进行系统发育分析及共线性分析,推测其可能的进化历程。结果 89K致病岛可分为4个保守区,4个主要的非保守区及一段Tn916转座子,呈现多个异源序列相嵌合的结构特征。功能分析发现保守区基因主要参与致病岛的横向转移及其在宿主菌基因组中的稳定,保守区的基因呈现出进化上的一致性,且在某些菌株中保守区以连续状态存在。结论保守区在祖先状态时是一个连续整体,不同来源的非保守区经过多次水平转移和重组事件插入到保守区之间,形成了89K致病岛的嵌合结构。     

中药外敷治疗下肢慢性溃疡1例

下肢溃疡在祖国医学中称为臁疮。常见的原因 ,有经络郁滞 ,气血壅遏、郁久生热、外感邪毒及疫毒之气或因抓伤、虫咬、刺伤、足癣等使皮肤损害 ,毒邪乘虚而入所致。这种溃疡多发生在小腿下段内侧 ,多为园形或椭园形 ,边缘倾斜微发白 ,创面底部肉芽组织不清洁棕红色 ,分泌物有臭味 ,创面四周皮肤常有湿疹 ;溃疡的周围皮肤变为棕褐色 ,深层组织粘连而不能推动。由于静脉曲张 ,病人常感患肢沉重、多倦 ;易伴发血栓性静脉炎。患者杜某某 ,男 ,44岁 ,农民。于 5年前发病 ,曾经多次住院治疗 ,但因治疗不彻底 ,反复发作 ,使病情加重 ,直到不能活动时…     

基于局部支持向量机的蛋白质相互作用的预测方法

针对蛋白质相互作用的预测问题,我们提出了一种基于局部支持向量机的预测方法。该方法充分考虑了蛋白质相互作用数据的局部相似性特征,提出在待测样本附近构建支持向量机模型。对两个真实的蛋白质相互作用数据集H.pylori和Human的测试表明,基于局部支持向量机的预测方法能够有效剔除无用样本对待测样本的负面影响有效地提高了蛋白质相互作用预测的性能与其它方法相比具有一定的优势。     

RNA二级结构计算特征分析

RNA二级结构预测方法可视为一个分类问题,即根据单条序列或多条序列给出的信息,判断任意两个位点能否构成碱基对。现有各种预测方法对所用计算特征的选择都是基于定性分析,没有统一的标准。在总结现有RNA结构预测方法中采用的各类计算特征的基础上,利用特征选择技术中的过滤和封装方法,结合支持向量机分类算法,对它们的分类能力进行定量比较分析,找出适于RNA二级结构预测的最优分类特征子集,包括热力学信息、共变信息和进化信息。在49组R fam家族上的测试结果显示,相比现存定性选择的特征子集,所选特征子集能得到更好的预测结果。     

医学研究生基因组与生物信息学教学探讨

总结了医学硕士研究生基因组与生物信息学课程建设的策略和经验,提出通过精选教学内容、实施"讲、练、做"一体化教学模式、探索创新性教学方法等途径,能够激发学生的学习主动性,增强学生课程知识的应用能力,培养学生的创新思维,为医学硕士研究生的培养提供参考.     

结合GO体系信息与芯片数据构建肿瘤特征基因网络

我们提出了一种新的肿瘤特征基因调控网络构建方法,首先用P-tree方法快速筛选肿瘤特征基因集;然后结合GO体系中对基因的注释信息与芯片数据信息对特征基因进行聚类;最后通过文献挖掘方法,以聚类获得的每个功能类中的基因为核心,建立肿瘤特征基因功能类网络模块.实验结果表明:本研究的方法明显提高了特征基因筛选速度,网络构建基于生物功能过程进一步细化,同时通过文献挖掘方法在网络中补充入大量与肿瘤特征基因发生直接或间接关系的基因,网络内容更加丰富与条理化.通过结合芯片数据,GO体系与相关文献中信息构建肿瘤特征基因调控网络能够构建更为细致、丰富,并针对具体调控过程的网络模块,为肿瘤的产生,发展与转移过程分析提供有效的指导.