布鲁氏菌A19疫苗株全基因组测序及比较基因组学分析

目的 探索布鲁氏杆菌A19疫苗株全基因组的结构、分子生物学的功能,并对其生物信息学进行研究。方法 采用Illumina Hiseq 4000和PacBio对A19进行全基因组测序,并与GenBank 上的8株菌进行比较基因组学解析。A19基因组3 286 167 bp, 预测3 371个基因,GC含量57.25%。通过注释COG库,对应基因有2 560个,将其归入22类COG中;根据比对KEGG库,得到2 544个基因,共参与33类代谢通路。结果 综合两个数据库结果发现,大多数A19预测基因中的基因功能主要与膜运输、氨基酸转运及碳水化合物代谢有关。结论 通过分析发现, A19和猪羊牛种布鲁氏菌之间存在一定差异,并找出牛种毒力基因。本实验通过测序A19全基因组,为布鲁菌疫苗的研究提供思路。     

鼠疫耶尔森菌CAF-1基因的生物信息学分析及抗原表位预测北大核心CSCD

目的探讨鼠疫耶尔森菌CAF-1基因的组成结构及生物学功能。方法运用ProtScale,TMHMM Server,Signal P 3.0 Server,NetPhos3.0 Server,SOPMA,Swiss-mode和DNAStar等生物信息学软件分析鼠疫耶尔森菌CAF-1基因的氨基酸序列组成、理化性质、亲疏水性、信号肽、磷酸化位点、糖基化位点、二、三级结构和B、T细胞抗原表位等。结果 CAF-1是由170个氨基酸构成的富含苏氨酸的稳定亲水蛋白,相对分子质量为17.7×10~3,理论等电点为4.83,不含跨膜区且磷酸化程度较高。二级结构中β转角和无规则卷曲为主要结构原件,分别占41.18%和32.35%。同源建模显示,GMQE和QMEAN评估分值分别为0.90和0.76。抗原表位预测显示,该蛋白含有多个B细胞优势抗原表位和7个优势CTL表位。结论生物信息学预测CAF-1基因编码蛋白为稳定分泌蛋白和外膜蛋白,含有较多的B、T细胞抗原表位,具有较好的抗原性,可作为新型疫苗的潜在候选基因。     

内蒙古长爪沙鼠鼠疫疫源地鼠疫菌耐药相关基因检测及生物信息学分析

目的 了解内蒙古长爪沙鼠鼠疫疫源地分离的鼠疫菌携带耐药及耐消毒剂基因情况,同时分析其结构功能和抗原表位,为鼠疫的治疗提供科学依据。方法 对75株分离自内蒙古长爪沙鼠鼠疫自然疫源地的鼠疫菌DNA进行PCR扩增,检测耐磺胺类药物基因(Sull、Sul2),耐链霉素基因(StrA、StrB),耐β-内酰胺类抗菌药物基因(Tem、CTX-m)和耐季铵盐类消毒剂基因(QacEdelta1)携带情况。同时分析Sul2基因的结构、功能及作为优势抗原的可能性。结果 PCR扩增显示,75株鼠疫菌均未检出上述耐药基因和耐消毒剂基因。生物信息学分析Sul2蛋白为不含有跨膜区的疏水性分泌蛋白,且属于外膜蛋白。其二级结构均以α螺旋和无规则卷曲为主,分别45.39%和33.21%。该蛋白含有6个B细胞表位和16个T细胞抗原表位。结论 内蒙古长爪沙鼠鼠疫疫源地分离的75株鼠疫菌不具有耐药及耐消毒剂的特征。鼠疫菌的Sul2蛋白含有丰富的B、T细胞抗原表位,具有良好的抗原性,可为该疫源地鼠疫诊断和治疗提供参考。     

内蒙古鼠疫耶尔森菌差异区段分型特征研究

目的 研究分离自内蒙古不同鼠疫疫源地、不同宿主和媒介的鼠疫耶尔森菌的差异区段基因型分布特征。方法 选取内蒙古3个鼠疫疫源地分离的鼠疫耶尔森菌307株,采用差异区段分析法,设计24对引物进行DFR位点扩增分型,用BioNumerics软件分析。结果 通过差异区段分型方法共发现13种基因型,其中5种基因型(Gnm1~Gnm5)为本研究首次报道。长爪沙鼠疫源地有9种基因型,主要基因型为G11(71.8%,122/170);达乌尔黄鼠疫源地有6种基因型,主要为G10(44.1%,41/93)和G11(35.5%,33/93);布氏田鼠疫源地有4种基因型,主要为G14(90.9%,40/44)。3个疫源地均分布有G11型。结论 内蒙古鼠疫耶尔森菌差异区段基因型分布具有明显的地理分布特征,对分析内蒙古鼠疫的传播和遗传演变具有重要的分子流行病学意义。