基于TCGA数据库分析肿瘤突变负荷在肌层浸润性膀胱癌预后评估中的价值

目的：探讨肿瘤突变负荷（TMB）在肌层浸润性膀胱癌（MIBC）预后评估中的价值。方法：从TCGA数据库下载MIBC测序数据，结合临床数据分析TMB在MIBC中的临床意义，从TMB分组中识别出差异表达的免疫相关基因进行预后分析；另外采用非负矩阵分解CIBERSORT算法确定免疫细胞与TMB亚型之间的相关性。结果：纳入的375例MIBC患者样品中单核苷酸多态性（SNP）和C > T是最常见的错义突变；TP53、TTN、KMT2D、MUC16、ARID1A基因的突变率较高；与低TMB组MIBC患者相比，高TMB组的患者预后较好（P < 0.01）；以KIR2DL4、IL1RL1、SSTR5构建的COX回归模型中低风险组MIBC患者较高风险组预后更佳，曲线下面积（ROC）为0.71；与正常膀胱组织相比，高TMB组的CD8⁺ T细胞、活化的CD4⁺ T细胞、嗜酸性粒细胞表达较高，而在低TMB组中记忆B细胞及未活化的肥大细胞表达比例较高（P < 0.05）。结论：TMB较高的MIBC患者可能在免疫治疗中获得较好的预后，TMB具有预测肿瘤免疫治疗疗效的潜在应用价值；还发现了不同组分的免疫细胞在TMB分组的MIBC肿瘤微环境中存在表达差异。     

基于生物信息学方法分析PTGIS基因在膀胱癌中的表达及临床意义

目的:利用Oncomine、GEPIA、LinkedOmics数据库分析前列环素合酶(prostacyclin synthase,PTGIS)在膀胱癌中的表达及与临床预后的关系。方法:应用Oncomine、GEPIA数据库中关于PTGIS研究的数据,对其在膀胱癌中的表达水平变化进行分析。采用GEPIA数据库分析PTGIS表达水平与膀胱癌患者生存预后之间的关系。LinkedOmics数据库分析PTGIS基因表达与膀胱癌临床病理特征的相关性。应用Genecards数据库收集与 PTGIS 基因有关的蛋白,并通过 STRING 绘制PTGIS有关蛋白网络图,分析蛋白富集的生理过程。结果:对Oncomine数据库、GEPIA数据库关于膀胱癌和膀胱正常组织中PTGIS基因差异表达的研究,结果显示膀胱癌组织中PTGIS 基因的表达显著低于膀胱正常组织（P＜0.05）。通过GEPIA数据库生存分析发现PTGIS 基因低表达患者的总体生存率明显高于高表达患者,低表达患者的预后更好（P＜0.05）。通过Genecards数据库收集到与PTGIS有关的蛋白有CYP51A1、PTGES、PTGDS、AKT1、TBXAS1等30个,其有关蛋白富集分析结果显示主要富集在前列腺素代谢、调节活性氧代谢、炎症反应等生理过程。结论:PTGIS基因在膀胱癌中低表达,其表达水平与生存预后相关,PTGIS基因可为膀胱癌的治疗提供参考,为其进一步深入研究提供理论基础。     

生物信息学方法鉴定与肾透明细胞癌预后相关的关键基因

目的 采用生物信息学方法鉴定与肾透明细胞癌(KIRC)预后相关的关键基因,并进一步分析其临床意义.方法 通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)获取肿瘤基因组图谱(TCGA)和基因表达汇编(GEO)中KIRC的基因表达谱数据,提取与正常肾组织差异表达的关键基因,结合TCGA数据库中的生存时间进行预后分析.结果 在TCGA和GEO数据库中共分析得到112个重叠基因,鉴定出10个KIRC关键基因(RAB25、ESRP1、EPCAM、VEGFA、MAL2、GRHL2、AP1M2、GPC3、CP、OCLN),OCLN高表达患者的总生存期(OS)长于OCLN低表达患者,而GPC3、RAB25及GRHL2低表达患者的OS分别长于GPC3、RAB25及GRHL2高表达的患者,差异均有统计学意义(P﹤0.05);OLCN及MAL2高表达患者的无病生存期(DFS)分别长于OLCN及MAL2低表达患者,GPC3及CP低表达患者的DFS分别长于GPC3及CP高表达患者,差异均有统计学意义(P﹤0.05).结论 本研究采用生物信息学方法鉴定出了与KIRC预后相关的关键基因,其中OCLN、RAB25、GRHL2及GPC3与KIRC患者的OS有关,而OLCN、GPC3、CP及MAL2与KIRC患者的DFS有关,这可能成为未来恶性肿瘤治疗的新靶点.     

肾部分切除术对Ⅰ期局限性肾透明细胞癌患者预后的影响研究

背景　目前,T1a期局限性肾透明细胞癌（ccRCC）患者首选肾部分切除术（PN）,而对于T1b期局限性患者是否首选PN方案尚存在争议。目的　分析PN对Ⅰ期局限性ccRCC患者总体生存率（OS）和肿瘤特异生存率（CSS）的影响。方法　2020年4-5月申请获得监测、流行病学和最终结果（SEER）数据库使用权限并从数据库下载1975-2016年经病理诊断为Ⅰ期局限性ccRCC患者的临床病理资料（诊断年份、年龄、性别、人种、婚姻、肿瘤患侧性、病理分级、T分期、手术方式）,根据手术方式不同将患者分为PN组与根治性肾切除术（RN）组。采用Cox比例风险回归模型分析Ⅰ期局限性ccRCC患者CSS的独立预后因素;采用多因素Logistic回归分析探讨患者手术方式的影响因素;采用倾向性评分匹配法校正样本,Kaplan-Meier曲线和多因素Cox比例风险回归模型分析匹配前后两种手术方式对患者OS和CSS的影响。结果　单因素Cox比例风险回归模型结果显示,年龄、婚姻、病理分级、T分期、手术方式均是Ⅰ期局限性ccRCC患者CSS的预后因素（P<0.05）;多因素Cox比例风险回归模型结果显示,年龄、婚姻、病理分级、T分期、手术方式均是Ⅰ期局限性ccRCC患者CSS的独立预后因素（P<0.05）。在总体生存人群及肿瘤特异性生存人群中,两组T1b期局限性ccRCC患者诊断年份、年龄、肿瘤患侧性、病理分级比较,差异均有统计学意义（P<0.05）;多因素Logistic回归分析结果显示,诊断年份、年龄、肿瘤患侧性、病理分级是T1b期局限性ccRCC患者手术方式的影响因素（P<0.05）。与RN相比,匹配前后的Kaplan-Meier曲线发现,PN对患者OS有益（P<0.05）,而对CSS无明显影响（P>0.05）;PSM调整后的多因素Cox比例风险回归模型分析发现PN是患者OS独立保护因素（HR=0.695,P=0.009）,对CSS无明显影响（HR=0.804,P=0.301）。结论　基于患者的远期生存角度,在手术可行的情况下,建议Ⅰ期局限性ccRCC患者优先考虑PN治疗。