非小细胞肺癌顺铂耐药相关基因生物信息学研究

目的：通过分析非小细胞肺癌顺铂敏感株及耐药株的基因芯片表达数据，筛选差异基因及关键通路，构建蛋白相互作用网络，探讨关键集群功能。方法:从GEO数据库获得基因芯片表达数据，利用GEO2R工具筛选差异基因，通过STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白相互作用网络，经DAVID富集得到相关特征基因与信号通路信息。结果：通过芯片分析共获得481个差异表达基因，相比于敏感细胞株，顺铂获得性耐药细胞株中有418个上调基因和63个下调基因。差异基因功能主要富集在piRNA代谢、DNA甲基化修饰、细胞有丝分裂及细胞周期进程等信号通路。蛋白复合物预测得到主要功能集群6个，分别与细胞趋化性、细胞角化性、piRNA代谢过程、细胞因子受体相互作用、细胞因子分泌调节及染色质沉默相关生物进程相关。结论:本研究利用生物信息学方法，发现顺铂耐药细胞株特征基因及信号通路，其中SAA1、KRT5、TDRD9、BCL2A1、CSF1R和HIST1H1A等显著上调基因及其功能集团可能是非小细胞肺癌顺铂耐药的潜在分子机制，为临床精准治疗提供新的理论依据。     

分化型甲状腺癌神经内分泌分化与131I治疗疗效的关系

目的探讨分化型甲状腺癌（DTC）神经内分泌分化（NED）与131I治疗疗效的关系。方法收集46例1991年3月至2017年5月在中国科学院大学附属肿瘤医院行131I治疗伴随远处转移DTC患者的病变甲状腺组织石蜡标本,采用免疫组化法检测NED标志性蛋白嗜铬粒蛋白A（CgA）、神经细胞黏附分子1（CD56）、突触蛋白（Syn）、促甲状腺激素受体（TSHR）、钠碘同向转运体（NIS）的表达。采用字2检验分析CgA、CD56、Syn表达与碘代谢关键基因TSHR、NIS表达的关系及CgA、CD56、Syn、TSHR、NIS的表达与临床特征、131I疗效的关系。结果本组患者病灶摄碘率为60.8%（28/46）,131I治疗有效率为36.9%（17/46）。NIS、TSHR、CgA、CD56在DTC组织中的阳性表达率分别为28.2%（13/46）、15.2%（7/46）、8.6%（4/46）、15.2%（7/46）,Syn无阳性表达。CgA与TSHR、NIS表达之间差异均无统计学意义（均P＞0.05）。CD56阳性患者中NIS阳性率为38.5%（5/13）,高于CD56阴性的6.9%（2/29）,差异有统计学意义（P＜0.05）,而CD56阳性与阴性患者TSHR表达率的差异无统计学意义（P＞0.05）。CgA、CD56表达水平在不同年龄、性别、单双侧、分期、远处转移及疗效的DTC患者之间差异均无统计学意义（均P＞0.05）;NIS表达水平在不同年龄DTC患者之间的差异有统计学意义（P＜0.05）,而在不同性别、单双侧、分期、远处转移、摄碘率及疗效的DTC患者之间差异均无统计学意义（均P＞0.05）;TSHR表达水平在不同性别的DTC患者之间差异有统计学意义（P＜0.05）,而在不同年龄、单双侧、分期、远处转移、摄碘率及疗效的DTC患者之间差异均无统计学意义（均P＞0.05）。结论131I治疗可以使部分肺转移DTC患者获益,是远处转移DTC术后治疗的重要手段。部分DTC组织存在NED,CD56的表达与NIS表达之间差异有统计学意义,CD56可能对NIS的表达发挥作用,相关机制需进一步研究。     

基于网络药理学和生物信息学探究鹅儿猫爪汤治疗胃癌的潜在机制

[目的]通过网络药理学和分子对接技术探究鹅儿猫爪汤治疗胃癌的主要活性成分和潜在作用机制。[方法]通过SymMap及PubChem获取和鉴定鹅儿猫爪汤中的活性成分；借助TSCMP及pkCSM查询各活性成分的口服利用度、类药性、肠道吸收及毒性等筛选获得合适的活性成分；利用SwissTargetPrediction、Similarity ensemble approach、PharmMapper及SuperPred数据库获得活性成分的潜在作用靶点；运用Digsee、Digsnet、GeneCards及GEPIA等数据库检索胃癌相关靶点，并利用韦恩在线分析工具将药物靶点和疾病靶点取交集；根据筛选出来的药物与疾病交集靶点，借助KOBAS数据库对交集靶点进行GO功能富集和KEGG通路分析；利用STRING和Cytoscape软件构建交集靶点的蛋白相互作用（PPI）网络，依据节点度值和介值筛选出核心靶点；Kaplan-Meier plotter分析核心靶点在胃癌中的预后价值，CAMOIP分析有预后意义核心靶点与免疫细胞浸润的相关性，并经TIMMER验证；采用SwissDock等对部分活性成分与潜在靶...     

基于生物信息数据库分析FEN1基因在乳腺癌中的表达及其临床意义

目的通过分析生物信息数据库相关资料,探讨瓣状核酸内切酶1（FEN1）基因在乳腺癌中的表达及其临床意义。方法检索Oncomine数据库,分析FEN1基因在不同类型肿瘤中的表达情况;检索基因表达谱动态分析（GEPIA）数据库,对比乳腺癌组织与正常乳腺组织之间FEN1基因的表达差异,分析该基因的表达水平与乳腺癌临床病理分期的关系;检索人类蛋白质图谱（HPA）数据库,可视化乳腺癌组织与正常乳腺组织FEN1基因的差异表达情况;利用Kaplan-MeierPlotter在线分析FEN1基因表达水平与乳腺癌患者预后的关系;检索肿瘤单细胞（CancerSEA）数据库分析FEN1基因与乳腺癌单个细胞功能状态的相关性。结果FEN1在多种肿瘤组织中高表达。与正常乳腺组织相比,乳腺癌组织中FEN1基因的表达明显升高（P＜0.05）,且不同临床病理分期乳腺癌患者FEN1基因表达水平比较差异有统计学意义（P＜0.05）。从总体来看,FEN1基因高表达组总生存率低于低表达组（P＜0.05）。此外,FEN1基因的表达与乳腺癌多种细胞功能状态相关,其中与乳腺癌细胞的细胞周期、DNA损伤、DNA修复正相关性最高。结论FEN1基因在乳腺癌组织中呈高表达,与患者预后相关,并且与乳腺癌细胞功能存在一定相关性,可为临床乳腺癌的治疗及基因靶向药物的研制提供重要的理论依据。