基于长链非编码RNA的表达谱特征构建乳腺癌患者预后的风险模型

目的构建长链非编码RNA(long non-coding RNA,LncRNA)表达特征的乳腺癌患者预后的预测模型。方法分析癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库1081例乳腺癌患者的转录组测序数据中LncRNA表达图谱及临床特征,对TCGA数据库中112对配对的乳腺癌及正常乳腺组织的转录组测序数据进行差异表达分析和单因素分析筛选得到差异表达且与乳腺癌患者预后显著相关的LncRNA(DELncRNA),利用DEseq2包进行差异表达分析(为减弱批次效应,测序数据已用DESeq函数标准化)。1081例乳腺癌患者被分成两组:训练集(541例)和验证集(540例)。将DELncRNA纳入Cox比例风险回归模型,在训练集中筛选和建立多LncRNA预后模型并对模型进行比例风险假定检验(proportional hazards assumption,PH假定检验),计算多基因风险评分,并基于此将患者分为高风险组和低风险组,采用Kaplan-Meier方法进行生存分析,并用验证集540例患者的数据进行验证。评价该模型在TCGA数据库肺鳞癌和肝细胞肝癌等患者中的预后评估价值。基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)分析LncRNA影响患者生存的具体机制。结果转录组测序分析筛选得到2815个差异表达基因,其中与乳腺癌患者预后显著相关的LncRNA共91个(P<0.05)。利用541例训练集乳腺癌患者的91个DELncRNA表达数据进行Cox回归分析,构建了基于5个LncRNA的Cox比例风险回归模型(训练集AUC=0.746,验证集AUC=0.650):AC004551.1、MTOR-AS1、KCNAB1-AS2、FAM230G和LINC01283,并进行PH假定检验(P=0.388)。K-M生存分析发现,训练集中高风险组的生存明显差于低风险组(中位生存时间:7.049年与12.21年,HR 0.367,95%CI 0.228~0.597,P<0.001),在验证集中高风险组患者生存时间也明显短于低风险组(中位生存时间:7.57年与10.85年,HR 0.412,95%CI 0.214~0.793,P<0.001)。在TCGA其他癌种中也得到相似的预测结果:肺鳞癌(HR 0.604,95%CI 0.383~0.951,P=0.007)及肝细胞肝癌(HR 0.551,95%CI 0.307~0.987,P=0.011)。GSEA结果提示,上述5个LncRNA的表达模式与肿瘤细胞的细胞周期调控有关。结论基于AC004551.1、MTOR-AS1、KCNAB1-AS2、FAM230G和LINC01283表达谱构建的预后模型可用于预测乳腺癌患者的预后,有利于进一步指导临床治疗。     

MTA1通过上调CK19促进结肠癌细胞HCT116的侵袭

目的探讨肿瘤转移相关因子1(MTA1)与细胞角蛋白19(CK19)在结肠癌中的表达及意义。方法选取80例结肠癌患者的结肠癌组织及癌旁组织标本,采用免疫组织化学法检测组织中MTA1及CK19的表达,分析两者在结肠癌组织中表达的相关性。采用慢病毒感染法、crispr基因编辑技术分别建立MTA1过表达及敲除MTA1的结肠癌HCT116细胞系及对应的对照细胞系(分别命名为HCT116MTA1、HCT116crMTA1、HCT116control 1、HCT116crMTA1control 2),利用RNA干扰技术、质粒转染法分别在HCT116MTA1、HCT116crMTA1细胞中敲降、过表达CK19,并构建对照细胞系(分别命名为HCT116MTA1siCK19、HCT116crMTA1CK19、HCT116MTA1control、HCT116crMTA1control)。通过Transwell侵袭实验检测MTA1、CK19表达的改变对细胞侵袭能力的影响。利用c BioPortal数据分析平台筛选与MTA1和CK19表达均相关的基因,对所获得的基因集进行功能富集分析。结果结肠癌组织中MTA1、CK19评分均明显高于癌旁组织,差异均有统计学意义(P<0.01)。MTA1与CK19在结肠癌组织中表达呈显著正相关(r=0.490,P<0.01);在MTA1过表达的HCT116MTA1细胞中CK19表达上调,而在敲除MTA1的HCT116crMTA1细胞中CK19表达下调。与MTA1和CK19表达均相关的基因富集在细胞黏附、m RNA剪接、细胞代谢、蛋白质合成等过程。结论MTA1与CK19在结肠癌组织中表达呈正相关,MTA1可通过上调CK19表达促进结肠癌细胞HCT116的侵袭。