细辛叶绿体基因组结构特征与系统进化分析

目的 以细辛药材为材料，采用高通量测序和生物信息学技术组装完整的叶绿体基因组序列，明确其结构特征、系统发育位置。方法 基于Illumina测序平台对细辛叶绿体基因组序列进行结构特征分析；同时，采用最大似然法（maximum likelihood,ML）构建马兜铃科的系统发育关系。结果 华细辛和辽细辛叶绿体基因组全长为160 521～160 555 bp，表现出典型的四分体结构，且两者叶绿体基因组GC含量均为38.5%。细辛叶绿体基因组包含128个基因，其中85个蛋白质编码基因，34个t RNA基因，8个r RNA基因。此外，系统发育分析结果显示，基于完整的叶绿体基因组和蛋白编码数据集构建的拓扑树一致，细辛属物种和马蹄香属物种形成一个支持率的单系分支。结论 细辛叶绿体基因组测序、组装、结构特征分析，发现其大小介于Asarum bracteolata和A. sieboldii var. seoulense之间，IR区存在rpl16、rps19、ycf1、rpl23等基因扩张，研究结果丰富了细辛属植物遗传资源，为该属物种分子鉴定、系统发育以及野生资源保护与开发利用等研究提供理论基础。     

尾花细辛与花叶细辛叶绿体基因组比较及系统发育分析

本研究通过Illumina高通量测序技术对细辛属药用植物尾花细辛(Asarum caudigerum Hance)和花叶细辛(A. cardiophyllum Franchet)进行了叶绿体基因组测序,利用生物信息学分析方法进行组装、注释和结构特征分析,并与已发表的12个马兜铃科植物叶绿体基因组进行了系统发育分析。结果显示,尾花细辛和花叶细辛叶绿体基因组全长为186 215～186 985 bp,大单拷贝区(LSC)长度为89 445～90 169 bp,两个反向互补重复区(IRs)长48 387～48 408 bp。两者叶绿体基因组中的GC含量为37.4%～37.5%,共注释到144个基因,包括98个蛋白编码基因(PCGs), 38个tRNA基因和8个rRNA基因。此外,在细辛属叶绿体基因组中检测到复杂的基因组重排现象;同时,对序列的离散型进行可视化评估表明,非编码区变异水平高于编码区。系统发育结果显示,尾花细辛与长毛细辛聚为一支,花叶细辛、汉城细辛、A. misandrum和A. maculatum则聚为一支,且这两支互为姊妹关系。本研究为细辛属物种分子鉴定、系统发育及分子植物育种...