中国柯萨奇病毒A组6型分离株全基因序列特征分析

  目的  分析中国2007-2019年柯萨奇病毒A组6型(coxsackievirus A6,CVA6)毒株遗传进化规律,以期为疾病预防及疫苗研发提供理论依据。  方法  收集中国截至2021年3月1日Genbank数据库中454株CVA6毒株全基因序列,分析毒株分离年份、地区信息,构建系统发育树揭示进化规律并进行基因重组分析。  结果  地区信息显示,毒株主要分布于中国沿海及南方地区,时间信息表明,自2013年起,CVA6毒株报告数量逐渐增加。系统进化结果表明,454株CVA6毒株分10个分支,A分支中3株分离自江西省的毒株与CVA6原型毒株Gdula(AY421764)亲缘关系极为接近,核酸序列相似度近乎100%,J分支是中国流行最广泛的毒株群,包含了中国较多省份如山东省、广东省等。基因重组分析显示,基因重组现象较为普遍,大部分CVA6代表毒株在P2区和P3区与其他肠道病毒A组毒株之间存在基因重组现象。  结论  2007-2019年CVA6毒株在中国广泛传播,毒株间基因重组现象普遍存在。