原发性干燥综合征患者唾液腺组织ceRNA调控网络的构建

  目的  通过生物信息学方法构建原发性干燥综合征(primary Sj?gren’s syndrome, pSS)患者唾液腺组织中的竞争内源性RNA(competing endogenous RNA, ceRNA)调控网络并探讨其发病机制。  方法  利用基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus, GEO)对pSS患者唾液腺组织中的信使RNA(messenger RNA, mRNA)、长链非编码RNA(long non-coding RNA, lncRNA)表达谱作差异分析。通过miRcode数据库和3个miRNA数据库(TargetScan、miRDB和miRWalk)获取与pSS有关的靶微小RNA(microRNA, miRNA)和靶mRNA,构建lncRNA-miRNA-mRNA的ceRNA调控网络,对ceRNA网络中差异表达基因(differentially expressed mRNAs, DEmRNAs)进行京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG)通路富集分析。  结果  在ceRNA网络中有214个DEmRNAs。KEGG分析显示DEmRNAs的主要富集信号通路为丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase, MAPK)信号通路和腺苷酸活化蛋白激酶(AMP-activated protein kinase, AMPK)信号通路,DEmRNAs中10个枢纽(Hub)基因分别为JUN、CCND1、NRAS、DDX5、KAT2B、VEGFA、SIRT1、CLTA、MCM7和RPS6KA1。  结论  本研究通过构建ceRNA调控网络,发现网络中DEmRNAs主要富集MAPK和AMPK信号通路, 为进一步深入探讨原发性干燥综合征的诊断和治疗提供了新的思路。     

系统性红斑狼疮和原发性干燥综合征的共同基因表达特征和分子机制

  目的  初步探究系统性红斑狼疮(systemic lupus erythematosus, SLE)和原发性干燥综合征(primary Sj?gren’s syndrome, pSS)的共同基因表达特征和分子机制。  方法  利用基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus, GEO)获取SLE和pSS基因表达数据集,进行加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis, WGCNA)和差异表达基因分析(differentially expressed genes, DEGs),初步确认SLE和pSS的共同关键基因和基因表达特征。  结果  WGCNA和DEGs分析结果都显示SLE和pSS的共同基因主要富集在Ⅰ型干扰素(interferon, IFN)和病毒免疫相关的通路上(均有P＜0.05);分析得到9个关键基因,分别是ISG15、IFIT3、OASL、OAS2、SERPING1、GBP1、DDX60、XAF1和DDX58,其中大部分是Ⅰ型IFN相关基因。  结论  研究结果提示SLE和pSS的共同基因表达特征主要与Ⅰ型IFN和病毒免疫相关基因以及通路有关,这为未来的机制研究提供了一定的参考。