结核分枝杆菌Rv3529c蛋白的生信分析及原核表达

目的 通过生物信息学软件预测结核分枝杆菌Rv3529c基因编码蛋白的结构和功能,并对其进行原核表达。 方法 利用UniproKB数据库、PredictProtein服务、AlphaFold系统、SWISS -MODEL服务、ProtParam蛋白分析工具、ProtScale、DeepTMHMM服务和SignalP-5.0服务、ProtCompB方法、IEDB数据库和STRING数据库等生物信息学预测软件对Rv3529c编码蛋白的二级和三级结构、理化性质、疏水性、信号肽、跨膜区、亚细胞定位及免疫表位进行分析预测。利用分子克隆技术构建表达质粒载体pET-32a-Rv3529c并进行原核表达,运用UniprotKB数据库的Blast工具对氨基酸序列进行比对,采用MEGA 11软件构建进化树,进行系统进化分析,运用STRING数据库分析蛋白间相互作用。 结果 Rv3529c基因全长1 155 bp,共编码384个氨基酸。Rv3529c基因编码蛋白分子量为43.35 kDa,等电点为6.04,二级结构以α-螺旋为主,该蛋白为稳定的亲水性蛋白,无跨膜区、无信号肽,预测该蛋白亚细胞定位在细胞质中或细胞膜上,存在多个抗原抗体表位,与多个蛋白质有相互作用。经克隆、表达、鉴定、纯化后获得浓度和纯度较高的Rv3529c蛋白。 结论 成功克隆、表达、纯化结核分枝杆菌Rv3529c蛋白,并初步预测其结构及功能。     

鸟结核分枝杆菌MAV-2753和结核分枝杆菌38ku蛋白的生物信息学分析北大核心CSCD

目的通过生物信息学在线分析软件对鸟结核分枝杆菌(Mycobacterium avium tuberculosis,MAV)MAV-2753蛋白和结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)38ku蛋白进行预测分析。方法从BLAST获取MAV-2753和38ku蛋白的氨基酸序列;利用Protparam tool分析蛋白的氨基酸数量、等电点和相对分子质量,氨基酸组成及比例,分子式及脂肪指数;利用SPOMA、SWISS-MODEL在线预测软件预测蛋白的二、三级结构;使用TMHMM Server2.0预测跨膜区;使用PortScale进行疏水性预测分析;使用SignlP5.0进行信号肽预测分析;应用ISoftBerry在线分析网址进行亚细胞定位;采用NetPHos3.1Server进行磷酸化位点分析;运用String在线分析软件进行蛋白质相互作用分析;运用NetNGIyc 1.0 Server、NetGlycate 1.0 Server进行糖基化、赖氨酸化分析预测;通过IEDB在线预测软件进行B细胞抗原表位的预测分析。结果MAV-2753基因编码蛋白为Catalase-peroxidase,分子质量单位为81ku;由748个氨基酸组成,相对等电点为4.9;正电荷残基(ArG+Lys)为73,负电荷残基(Asp+Gly)为107;脂肪系数为72.59,总平均亲水性为-0.455,预测为疏水蛋白;无跨膜区;有60个磷酸化位点。亚细胞定位于胞外。38ku蛋白由pstS1基因编码,由374个氨基酸组成,相对等电点为5.14,分子质量单位为38ku;正电荷残基(ArG+Lys)为17,负电荷残基(Asp+Gly)为26;不稳定系数为25.56,脂肪系数为86.79,总平均亲水性为0.066,预测为亲水性蛋白。该蛋白无跨膜区,有60个磷酸化位点,亚细胞定位于胞外。结论MAV-2753、38ku蛋白有着多个磷酸化、糖基化位点,表明与其他细胞间存在信号传递,蛋白空间结构稳定,有多个B细胞优势表位,可为MAC肺病与肺结核的血清学诊断、疫苗开发奠定基础。     

增加卫生经费投入 促进卫生事业发展

根据卫生部要求，在“八五”期间，８０％左右的中心卫生院、５０％的镇乡卫生院实现人员、房屋、设备三配套；到２０００年，要求１００％中心卫生院、８０％左右镇乡卫生院达到三配套．为了实现这一目标，我县自１９９１年以来，通过递增财政拨款比例，镇乡政府增加卫生投入，依靠社会集体和群众集资，引进“三胞”捐资和镇乡卫生院自筹等办法，拓宽了农村卫生投入渠道，使我县基本上达到了卫生部关于人员、房屋、设备三配套的要求，提前二年完成了《“八五”卫生计划》中提出的十大指标。面对新形势下的机遇和挑战，我们适应社会主义市场…     

鸟结核分枝杆菌MAV-5183蛋白的生物信息学分析北大核心CSCD

目的预测鸟结核分枝杆菌致病基因MAV-5183编码蛋白的结构和功能。方法从NCBI数据库下载MAV-5183基因编码蛋白的基因序列和氨基酸序列;采用Protparam tool分析蛋白的氨基酸数量、等电点、相对分子质量,以及氨基酸的组成比例、分子式、分子组成、脂肪指数;利用Phyr、SWISS-MODEL在线预测软件进行二级结构和三级结构模型预测;使用TMHMM Server2.0进行跨膜区预测;使用PortScale进行疏水性预测分析;采用SignlP5.0进行信号肽预测分析;采用IEDB在线软件进行B细胞表位以及CD4免疫原性预测分析;采用NetPHos3.1Server进行磷酸化位点分析;运用String在线软件进行蛋白质相互作用分析。结果 MAV-5183基因编码355个氨基酸,编码蛋白为Antigen 85-C,相对分子质量为38.052 79×10^(3),等电点6.74,分子式为C_(1705)H_(2570)N_(462)_O_(504)S_(14),为不稳定的疏水性蛋白;含有跨膜区与信号肽、25个磷酸化位点(其中丝氨酸、苏氨酸、酪氨酸分别有14、6、5个),三级结构较为稳定,有多种蛋白与之相互作用。结论 MAV-5183含有多个磷酸化位点和B细胞优势表位,可为MAC临床血清学诊断和疫苗研发提供理论基础。     

44株HIV/MAV双重感染者MAV基因分型和药敏结果分析

目的 了解云南省西南地区人类免疫缺陷病毒(HIV)/鸟结核分枝杆菌(MAV)双重感染者MAV的基因型和耐药情况。方法 选取12个可变数目串联重复序列(VNTR)特异性位点,采用分枝杆菌串联重复序列(MATR-VNTR)基因分型法对MAV进行基因分型;采用聚合酶链反应(PCR)扩增菌株DNA后进行琼脂糖凝胶电泳,获得MAV的DNA指纹图谱,再应用Quantity One和BioNumerics 6.7软件对电泳图进行数字化处理并通过非加权组平均法(UPGMA)进行聚类分析。采用比例法测试44株MAV对10种不同抗菌药物的敏感性。结果 各位点VNTR基因分型的Hunter-Gaston指数(HGDI)存在差异,其中MATR-5最高,为0.68,MATR-1、2、3、4、6、7、9、13、15位点的HGDI值均≥0.5;通过聚类分析,44株MAV分为6个集群。药敏试验结果显示,利福布丁对MAV的体外抗菌活性最好(耐药率为0),其次是乙胺丁醇(耐药率86.4%,38/44),所有菌株对其余8种药物均耐药。结论 选取的12个位点VNTR基因分型法在云南省西南地区具有较高分辨率,来自云南省不同地区...