基于离子通道相关基因的膀胱癌患者预后风险评估模型构建

目的:基于离子通道相关基因（ICRG）构建膀胱癌患者预后风险评估模型。方法:首先从已有研究中获得ICRG。患者临床信息和信使RNA表达均从癌症基因组图谱数据库膀胱癌数据集下载。接着，采用Cox回归分析和最小绝对收缩与选择算子回归分析筛选预后相关基因并通过免疫组织化学及定量逆转录量聚合酶链反应结果验证相关基因的表达。然后，构建预测膀胱癌患者预后的风险评分方程并根据风险评分的中位数将患者分为高风险组和低风险组，比较两组免疫细胞浸润丰度差异。应用Kaplan-Meier生存曲线及应用受试者操作特征曲线（ROC曲线）评估风险评分方程的准确性以及临床应用价值。最后，通过单因素和多因素Cox回归筛选与膀胱癌患者预后相关的影响因素构建膀胱癌患者预后的列线图。结果:通过比较膀胱癌组织与健康膀胱组织中ICRG的表达水平，发现共有73个ICRG差异表达，其中11个与膀胱癌患者的预后相关。Kaplan-Meier生存曲线结果提示，基于这11个基因构建的风险评分与患者预后呈负相关；随时间变化的ROC曲线结果显示，风险评分预测患者1、3、5年预后的曲线下面积分别为0.634、0.665、0.712。分层分析发现...     

基于转录组学膀胱癌临床预后模型的构建

目的：筛选膀胱癌预后相关基因,建立膀胱癌预后评分模型。方法：通过UCSC Xena平台下载癌症基因组图谱（TCGA）数据库、基因型和基因表达量关联数据库（GTEx）中406例膀胱癌患者的临床信息和膀胱癌组织RNA测序数据,以及28名健康对照者正常膀胱组织RNA测序数据。采用加权基因共表达网络分析（WGCNA）、单因素Cox回归分析、LASSO回归分析和多因素Cox回归分析筛选膀胱癌预后相关基因并建立预后模型,结合Kaplan-Meier生存曲线、受试者操作特征曲线（ROC曲线）验证模型的准确性。结果：分析得到膀胱癌相关差异表达基因共2308个。WGCNA拟合得到6个基因模块,筛选出对膀胱癌预后有显著作用的基因829个。运用单因素Cox回归与LASSO回归分析筛选出24个与膀胱癌患者预后相关的基因,多因素Cox回归分析训练集数据得到9个作为独立预测因子的基因,分别是ADCY9、MAFG_DT、EMP1、CAST、PCOLCE2、LTBP1、CSPG4、NXPH4、SLC1A6,以此建立膀胱癌患者预后预测模型。训练集中高风险组和低风险组3年存活率分别为31.814%和59.821%,测试集中高风险组和低风险组3年存活率分别为32.745%和68.932%,模型预测训练集和测试集患者预后的ROC曲线下面积均在0.7以上。结论：本研究建立的模型对膀胱癌高风险和低风险人群的生存情况具有较好的预测能力。