大肠杆菌REP序列的进化机理及其对调控、转座机制的证明Ⅰ、对转座机制问题的论证

大肠杆菌的遗传物质中存在大量的REP序列（repetitive extragemic palindromic)，这类序列数量大，序列简单，且非常保守，规律性很强，我们通过设计的标序地对其进行分析，可以发现从1REP到12REP，有一个由标序逐步累加、呈阶梯进化的过程，因此，可以肯定它是由转座进化形成的，而转座的标序仅125bp和20bp，显色这么短的序列是无法进行反向转录的。因此，我们认为转录的实体应为RNA，而不是传统理论的DNA。同时，传统的转座理论，无法进行动力学解释，好象转座是一种无目的的，随机的行为，但这一点与事实并不相符。通过对生物进化进行分子生物学研究，可以发现生物基因的拷贝数与其活动量是成正比的，需求量大的基因其拷贝数就多，需求量少的基因拷贝数就少。这就说明转座是与需求量相关的，而不是无目的的和随机的，因此我们认为转座是调控反应的结果，转座又可叫调控转座。大肠杆菌REP序列的转座虽不加基因的拷贝数。但它能提高转录的速度，因此，因此，也是一种调控转座。生物的发育机制从分子水平讲就是基因在时间和空间上的差异表达，那么这种差异表达的时间开关和空间开关又是怎么控制的，至今没有很好的理论解释，我们通过对REP序列分析，可以发现是通过基因互控方式实现的。REP序列是回文序列，而回文序殓既是转录的终止序列又是转录的启动序列。由此就产生了一种基因之间的互控关系，即A转录子的终止序列（回文序列），它从mRNA上切下后，又是开启B转录子的钥匙，这种机制就很好地解释发育机制问题，实现了遗传，发育和进化的统一。     

论大肠杆菌调控系统的形成机理

对大肠杆菌调控基因进行同源搜索可以发现，调控基因是以族群形式存在的。同一族群的基因之间同源程度很高。依据基因之间同源值的大小，将同一言辞群的基因连接起来，就构成了调控基因族群族谱。在这个族谱中，基因之间有辈份的区别。相连接的两个基因之间是父子关系，子基因是父基因通过转座生成的。通过对转座段进行分析，发现这种转座与过去发现的转座形式是不同的。这种转座不是整个基因段的转座，而是父基因通过裁剪机制，剪去一部分序列，以亚基因片段转座，这种转座我们称为裁剪转座。这是一种新型的转座，和以前发现的转座和转座理论不同。同时，对转座片段两端序列进行分析，发现父基因转座片段两端存在一种象标尺一样的正向重复序列，本文称为转座标尺序列。它是裁剪转座段的标尺。同时在子基因中的两端，也就是转座点，也有一段标尺序列，它是决定转座点的标尺。它和裁剪标尺序列的关系是正向配对。这种配对和通常所见的DNA双链、RNA双链中的反向配对也是不同的。此外，从几个方面进行分析还发现，调控基因的裁剪转座是和调控有关的，这种转座实际上是一种调控转座。调控是引发转座的原因，是转座的动力。在此基础上，本文建立起了调控转座模型。根据调控基因族群表现出的特性，以及父子调控基因之间序列的相似性，作者推测大肠杆菌调控基因有基因互控关系，依据这种基因互控关系，建立起了大肠杆菌调控总模型。这就是调控基因调控功能基因转录子的转录，同时调控基因又按照调控基因群族谱互相调控。本文还根据对基因群族谱的分析，推测调控基因起源于运输蛋白基因。