牛血清清蛋白在小鼠骨肉瘤模型PCR基因分型中的应用

摘要：目的：验证在PCR反应体系中加入牛血清清蛋白（BSA）可否提高小鼠骨肉瘤模型floxed Rb1基因杂合子和纯合子的检出率与准确率。 方法：以小鼠骨肉瘤模型子代小鼠基因组DNA为模板,进行Rb1基因的PCR基因分型。对在PCR反应体系中添加适量浓度(0.16 mg/mL)的BSA与不加BSA的PCR基因分型结果相比较。PCR引物序列涵盖Rb1基因外显子19两侧或3′端的LoxP序列。 结果：反应体系中添加BSA后,可成功获得PCR扩增条带：单一650 bp 或247 bp（野生型）、单一700 bp 或295 bp（floxed Rb1基因纯合型）以及650 bp和700 bp（或247 bp 和295 bp）混合条带（floxed Rb1基因杂合型）,而反应体系中未加BSA的则无PCR扩增条带产生。 结论：BSA可显著提高floxed Rb1基因的扩增效率,增加了该基因杂合子和纯合子的检出率并排除了假阴性结果,对于难以扩增的靶基因序列的PCR基因分型具有借鉴意义。     

蛋白激酶CI的表达与胰腺癌的相关性分析

目的 研究蛋白激酶CI(PRKCI)在胰腺癌组织中的表达,阐明其对胰腺癌的诊断及预后的作用,并进一步分析PRKCI与肿瘤微环境中免疫细胞浸润的相关性。方法 利用Oncomine、GEPIA、HPA和CCLE数据库分别分析PRKCI在胰腺癌组织和细胞系中的表达,利用GEPIA分析PRKCI的表达与胰腺癌患者预后的关系,利用String数据库分析与PRKCI相互作用的蛋白,利用TIMER研究PRKCI的表达与肿瘤纯度和免疫细胞浸润的相关性。结果 胰腺癌组织中PRKCI mRNA和蛋白的表达水平均高于癌旁正常胰腺组织,且PRKCI在胰腺癌细胞系中呈高表达。PRKCI高表达的胰腺癌患者的总生存期和无病生存期明显低于低表达患者(P<0.01),且与胰腺癌患者的分期显著相关。与PRKCI相互作用的蛋白有CDC42、NUMB、SQSTM1等,主要参与炎症反应、蛋白质磷酸化等过程。胰腺癌中PRKCI的表达与CD4⁺T细胞数目、PD-L1基因和CTLA-4基因的表达呈负相关性。结论 PRKCI在胰腺癌中呈高表达,PRKCI mRNA的表达水平与患者的预后和免疫细胞浸润显著相关,其可能成为治疗胰腺癌的潜在靶点。     

URI1蛋白生物信息学分析及在人体组织中的表达

摘要:目的：分析人非经典前折叠素RPB5相互作用因子1(URI1)蛋白的特性、结构和变异体,观察URI1蛋白在人组织中的表达。 方法：通过多种网络分析工具,预测和分析URI1的基本特性及结构。用人组织微阵列免疫组化染色方法检测其在多种组织/细胞中的表达。 结果：URI1编码1个535个氨基酸的蛋白质,该蛋白质性质不稳定,无跨膜片段,N末端无信号肽,非分泌型蛋白质,其mRNA在组织中广泛表达。URI1具有11个潜在的泛素化位点,其中6个为高度可信,5个为中度可信。有48个潜在的磷酸化位点（35个在丝氨酸位、11个在苏氨酸位、2个在酪氨酸位）。在第287氨基酸位有一糖基化位点,在第291、371氨基酸位也可能发生糖基化修饰,未发现乙酰化位点。蛋白质结构预测α螺旋（H）占39.63%,N端具有1个PFD功能域。URI1在多种组织/细胞广泛表达并存在明显差异表达,与基于高密度微阵列技术的BioGPS mRNA表达谱数据吻合。 结论：用生物信息学技术预测了URI1蛋白的结构和功能,为URI1蛋白的相关研究提供了信息。     

ZEB1-AS1在结肠癌中表达及与铂类药物化疗敏感性的关系

目的 探讨结肠癌组织中锌指E-盒结合同源异形盒(ZEB)1-反义链(AS)1的表达及其与铂类药物化疗敏感性的关系。方法 选取结肠癌患者120例为研究组，收集患者手术过程中切除的癌组织及癌旁正常组织，实时荧光定量(qRT)-PCR法检测癌组织及癌旁组织中ZEB1-AS1的表达情况；分析ZEB1-AS1高低表达与临床病理特征的相关性；分析ZEB1-AS1高低表达与铂类化疗客观有效率的关系；Kaplan-Meier法分析ZEB1-AS1与5年生存期的关系；Cox回归模型分析影响患者预后不良的因素。结果 研究组ZEB1-AS1水平高于对照组，差异有统计学意义(P<0.05)。结肠癌患者ZEB1-AS1表达与年龄、性别、肿瘤直径不相关(P>0.05),与TNM分期、淋巴结转移相关(P<0.05)。ZEB1-AS1低表达患者治疗有效率显著高于ZEB1-AS1高表达患者(P<0.05)。Kaplan-Meier分析结果显示，ZEB1-AS1高表达患者5年生存率显著低于ZEB1-AS1低表达患者(P<0.05)。多因素Cox分析显示，TNM分期Ⅳ期、淋巴结转移、化疗无效、...