靶向CXCR1基因的shRNA真核表达质粒的构建及鉴定

目的：构建靶向化学趋化因子受体1（CXCR1）的短发夹小干扰RNA（shRNA）质粒表达载体。方法：针对人CXCR1基因的mRNA序列,按RNA干扰靶位点的设计原则,设计并构建靶向CXCR1基因的3个shRNA质粒表达载体和1个阴性对照质粒表达载体,经酶切和测序确认构建成功后,转染胃癌细胞MKN45,RT-PCR和Western blot检测CXCR1 mRNA和蛋白的表达。结果：经酶切和测序证实,3个靶向CXCR1基因的shRNA真核表达质粒均构建成功;与未转染和转染阴性对照质粒的MKN45细胞比较,转染3种shRNA质粒的MKN45细胞,CXCR1 mRNA和蛋白水平均明显下调（均P<0.05）。结论：靶向CXCR1基因的shRNA真核表达质粒的成功构建,为进一步研究CXCR1在胃癌中的功能和实验性靶向治疗提供了初步的基础。

     

结肠腺癌免疫预后基因的开发与验证

目的 发掘结肠腺癌(colon adenocarcinoma,COAD)免疫预后标志物并精准预测COAD生存风险.方法 从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库下载COAD患者的临床信息以及RNA-seq数据,获取差异的免疫相关基因(differential immune re...     

胃癌耐药机制研究进展

胃癌是世界上最常见的恶性肿瘤之一,其死亡率与发病率都很高.虽然胃癌的治疗取得了一定的进展,但仍然是导致癌症患者死亡的主要原因之一,影响化疗疗效的关键问题之一是胃癌的耐药.本文较为全面地综述了胃癌耐药的机制.     

多维度兴趣培养在病理学实验教学中的应用探索

病理学是联系基础医学和临床医学的一门重要桥梁课程,病理学实验教学是病理学教学不可或缺的重要组成部分;兴趣培养是病理实验教学中重要的方法,关系到病理学实验教学的效果以及整个病理学教学的质量.     

基础医学研究生培养和管理模式的探索与实践

随着我国教育改革的不断推进,研究生培养和管理模式也处于变革当中;为了实事求是和适应新形势的变化,基础医学研究生教育作为医学研究生教育的一个分支,应认识到其具有自身的特点和规律。当前我国基础医学研究生教育取得了巨大的成就,但也面临着不少问题。面对问题,在基础医学研究生培养和管理模式方面做了一些有益的探索与实践。     

基于生物信息学分析的结肠腺癌预后微小RNA的鉴定与预后预测模型构建

背景与目的 结肠腺癌（COAD）是癌症相关死亡的主要原因之一,准确预测COAD患者预后,评估COAD生存风险因素尤为重要。微小RNA（miRNA）通过靶向下游mRNA广泛参与肿瘤生物学行为调控,已成为具有应用研究前景的标志物。本研究旨在通过生物信息学方法鉴定COAD预后miRNA并构建预后预测模型,为COAD预后判断和制订个体化治疗方案提供参考。方法 从TCGA数据库中下载COAD患者的临床信息以及miRNA-seq数据,获取差异的miRNA。利用单变量和多变量Cox比例风险回归模型获得关键预后miRNA,用多因素Cox回归模型构建风险评分计算公式。利用Kaplan-Meier方法分析高、低风险评分患者的生存状态;ROC曲线评估风险评分的敏感度及特异度,并且从样本中随机抽取50%的病例做内部验证。采用预后风险模型列线图模型确定COAD患者临床病理参数及风险评分。使用Targetscan及miRDB数据库对预后miRNA模型进行靶基因预测以及利用String数据库进行蛋白与蛋白互作网络分析。结果 差异表达分析获得320个miRNA,其中167个上调,153个下调。利用单变量和多变量Cox比例风险回归对差异的miRNA进行分析,发现miR-503-5p、miR-335-3p、miR-185-5p、miR-4436b-5p、miR-125b-2-3p为COAD患者关键预后miRNA。结合风险评分的生存分析结果显示,高风险评分患者预后明显差于低风险评分患者（P=0.005 6）,在随机抽取的内部验证组中也得到验证（P=0.014）。1、3、5年风险评分模型ROC曲线下面积（AUC）分别为0.666、0.724、0.707,内部验证组分别为0.681、0.699、0.703。Cox回归分析显示,建立用于预测COAD患者预后预测列线图的一致系数为0.836。单因素和多因素Cox分析显示,在建模组及内部验证组中风险评分是COAD的独立预后因素（均P<0.01）。miRNA靶基因预测获得87个靶基因。蛋白与蛋白互作网络分析获得10个蛋白质互作的关键基因。结论 所建立COAD预后miRNA模型以及基于年龄、AJCC分期、T分期、放化疗以及风险评分等因素构建的列线图将较准确地预测COAD的风险,对鉴定高或低风险患者、精准预测预后及评估患者生存风险提供理论基础。     

基于免疫相关基因标签的原发性肝癌预后评分系统的建立

背景与目的:原发性肝癌(HCC)是最常见的预后较差的恶性肿瘤之一,其病因与发病机制尚未完全明了,因此,寻找HCC患者可靠的预后指标与生存生物标志物具有重要的临床价值。本研究通过生物信息学方法筛选HCC预后免疫相关基因,并构建基于免疫相关基因标签的预后风险评分模型,为HCC患者的预后评估及个体化治疗的临床决策提供依据。方法:从TCGA数据库获取HCC患者的临床信息以及RNA-seq数据(377个HCC样本和50个相邻的非癌组织样本)。在Immport数据库中下载免疫相关基因资料,使用R语言的limma包在HCC组织中筛选出差异表达的免疫相关基因。利用单变量和多变量Cox比例风险回归模型鉴定出与HCC患者(377个HCC患者中临床资料完整的344例)总体生存率(OS)密切相关的免疫相关基因,并以此构建基于基因标签的预后风险评分模型,对HCC患者预后风险进行评分。同时从上述模型样本中随机抽取50%的病例(172例)为验证样本行内部验证。用Kaplan-Meier方法分析高风险分与低风险分患者的生存状态,用ROC曲线以及C-index分析评估该风险评分的准确性。最后,分析该风险评分与HCC临床病理特征的关系,并采用单因素和多因素Cox回归分析,确定该风险评分作为独立预后因素的有效性。结果:在HCC的癌和癌旁组织中鉴定出329个差异表达的免疫相关基因,其中24个与HCC的OS有关(均P<0.001)。使用前向和后向选择算法进行了多变量Cox比例风险回归分析确定PSMD14、S100A11、FABP6、RBP2、LCNL1、FCN2、NDRG1、CSPG5和NR6A1为OS的9个高风险基因。按此9基因标签预后风险评分模型划分,模型样本中高风险分HCC患者OS明显差于低风险分HCC患者(P=1.715E-08),内部验证样本中得到验证结果相同(P=2.222E-05)。模型样本风险评分模型的ROC下曲线面积(AUC)在1、3年时分别为0.790和0.733,内部验证样本分别为0.799和0.743,C-index分析结果显示,模型样本以及验证样本的C-index分别为0.715(95% CI=0.683~0.829)和0.756(95% CI=0.668~0.762)。HCC的肿瘤分级,病理分期,T分期和新肿瘤事件的发生与风险评分明显有关(均P<0.05)。单因素和多因素Cox分析显示,风险评分是HCC的独立预后因素(单因素:HR=1.057,95% CI=1.041~1.074,P<0.001;多因素:HR=1.050,95% CI=1.033~1.067,P<0.001)。结论:通过TCGA数据库挖掘,鉴定出9个与HCC患者预后密切相关的免疫相关基因,且构建了基于9基因标签的预后风险评分系统,该系统有助于临床医生判断HCC患者预后和制定个性化的治疗方案。     

100例食物过敏患者食物不耐受IgG抗体检测

目的 通过100例食物过敏患者体内食物不耐受IgG抗体检测,分析食物过敏患者血清中食物过敏原特异性IgG抗体分布,了解食物过敏患者相关原因. 方法 收集100例在临床表现一定病史的食物过敏症状患者血清,用酶联免疫方法(ELISA)检测100例食物过敏患者血清中14种食物过敏原特异性IgG抗体浓度. 结果 结果显示100例食物过敏患者中有85例有1～6种不等的食物特异性IgG升高,阳性率为85.0%,其中存在1～3种食物不耐受的比例最高,占75.0%;在14种食物中,IgG抗体检测结果阳性率依次为:蟹(55.0%)>虾(50.0%)>鸡蛋(30.0%)>鳕鱼(12.0%)>西红柿(10.0%)>蘑菇、牛奶(5.0%)>玉米、大米、大豆(4.0%)>牛肉、小麦(2.0%)>鸡肉(1.0%)>猪肉(0).其中蟹和虾的特异性IgG阳性比率最高(P<0.05),而猪肉的特异性IgG阳性比率最低,余者阳性率无显著差异(P>0.05).另外,鸡蛋和虾两种食物阳性率存在性别差异(P<0.05),不同年龄组之间对牛奶、蟹和虾不耐受性整体比较也存在显著统计学差异(P<0.05). 结论 食物过敏患者体内存在某一种或一种以上食物不耐受IgG抗体,且某些食物在不同年龄和性别中有很高的不耐受率和不耐受程度,可能是食物过敏的主要原因之一.