奶牛粪便分离的伊氏李斯特菌伊氏亚种基因组序列测定及其分子特征分析

目的 了解某奶牛场奶牛粪便中李斯特菌的携带情况及其分离株的遗传特征。方法 用ISO 11290方法分离196份奶牛粪便样本中的李斯特菌,对分离的伊氏李斯特菌进行全基因测序,用MEGA6.0构建系统发育树,网站在线比对分析伊氏李斯特菌株的毒力基因、耐药基因及前噬菌体等。结果 196份奶牛场养殖的奶牛粪便样本中有9份样本为李斯特菌阳性,其中3株为伊氏李斯特菌伊氏亚种,6株为英诺克李斯特菌,分离率分别为1.53%和3.06%。3株伊氏李斯特菌伊氏亚种分离株具有包括LIPI-1和LIPI-2在内的绝大部分致病性李斯特菌毒力相关基因,携带一个不完整的前噬菌体及22个耐药相关基因。结论 养殖场奶牛粪便中携带伊氏李斯特菌伊氏亚种。对伊氏李斯特菌伊氏亚种分离株的全基因组、毒力基因、耐药基因、前噬菌体基因等遗传特征分析,为进一步分析其致病性提供了参考。     

中国单增李斯特菌的基因组特征研究

目的 分析我国146株单增李斯特菌的基因组特征,了解不同家系和克隆群菌株遗传特征的差异。方法 从NCBI数据库收集我国146株不同来源、省份和分离时间的单增李斯特菌基因组数据,利用生物信息学分析软件分别对其进行基因组注释、系统发育树构建和遗传元件分析。结果 本研究中相同家系、血清型和克隆群的单增李斯特菌在系统发育进化树上聚在一起,这种分布与菌株的来源和分离省份无关,提示单增李斯特菌基因组结构具有一定的稳定性。单增李斯特菌均携带毒力岛LIPI-1,部分家系Ⅰ菌株(如CC3和CC87)携带毒力岛LIPI-3和LIPI-4,具有潜在的致病风险。大多数家系Ⅱ菌株携带质粒和环境抗性基因,有助于提高对不良环境的耐受力。食品来源的菌株中inlA基因提前终止突变发生率较高,可能减弱菌株的毒力。结论 我国单增李斯特菌主要以家系Ⅰ和家系Ⅱ菌株为主,两者在毒力基因、环境抗性基因和质粒携带方面均具有差异,显示不同亚型菌株的毒力和环境适应性存在差异,为我国单增李斯特菌的监测和李斯特菌病的防控提供了参考数据。     

四种单增李斯特菌常用核酸检测方法的评价与应用

目的 应用聚合酶链式反应(PCR)、实时荧光PCR(Real-time PCR)、环介导等温扩增(LAMP)和多交叉置换扩增(MCDA)4种核酸检测方法,对单增李斯特菌进行检测,探索特异、灵敏、高效,且适用于肉类样本中单增李斯特菌检测的核酸检测方法。方法 比较文献报道的以单增李斯特菌特异性基因lmo0733作为靶标的4种核酸检测方法,评价这4种方法在特异性、灵敏度、检出速率方面的差异,并应用于单增李斯特菌模拟样本和猪肉样本中单增李斯特菌的检测。结果 传统PCR、Real-time PCR、LAMP和MCDA方法都能准确检测单增李斯特菌,其中MCDA方法检测下限为10 fg/反应,且能在30 min内完成对样本核酸的检测,灵敏度和检出速率优于其它3种核酸诊断方法;MCDA方法对于模拟样本和实际样本的检测效率优于其它3种核酸检测方法和传统分离培养方法,能够提高样本检测的阳性率。结论 MCDA方法作为一种特异、灵敏和高效的核酸检测方法,可用于肉制品中单增李斯特菌检测时的快速筛查,并能提高传统分离培养方法对标本中单增李斯特菌的阳性检出率。     

单增李斯特菌前噬菌体的分布及遗传特征分析

目的 了解单增李斯特菌基因组中前噬菌体分布状况和基因组特征。方法 自公共数据库GenBank获得275株单增李斯特菌的全基因组序列，运用前噬菌体在线预测软件（PHASTER）对其携带的前噬菌体进行预测。并对预测的完整前噬菌体进行聚类分析、插入位点识别、噬菌体整合酶多态性分析。此外，通过比对耐药基因和毒力基因数据库，搜寻前噬菌体可能携带的耐药基因和毒力基因。结果 本研究发现99.3%的单增李斯特菌基因组含有前噬菌体序列，155株（56.4%）单增李斯特菌基因组预测到229个完整前噬菌体序列。所有完整前噬菌体聚集成4个群，进一步划分为10个簇。前噬菌体分群与其宿主菌所属家系具有较强的相关性，但与宿主菌来源无关。本研究识别到10个前噬菌体插入位点，其中lmot17(tRNAArg),lmot11(tRNASer)和comK是3个最常见的插入位点，lmo1263为新发现的插入位点。相同插入位点前噬菌体所携带整合酶氨基酸序列高度相似。此外，研究发现部分家系Ⅲ菌株和1株家系Ⅰ菌株的噬菌体中携带毒力相关蛋白E编码基因（virE），所有完整前噬菌体中未发现耐药基因。结论 单增李斯特菌普遍携带前噬菌体，...