HCV 3b亚型全长序列测定及基线耐药相关置换的分析

目的探讨二代测序法(NGS)在HCV 3b全长序列及基线耐药相关置换(RAS)检测中的应用。方法从1例2016年7月在广州血液中心献血的献血者(HCV RNA阳性)血浆中提取核酸,经序列非依赖性扩增后,构建测序文库并采用illumina Hiseq进行深度测序,然后通过生物信息学方法分析HCV全长序列、病毒基因分型以及针对直接抗病毒药物(DAA)的基线RAS。结果NGS获得8.4 Gb原始测序数据,序列数(reads)超过56 M。经生物信息学分析获得HCV全长序列,平均测序深度为488007,基因分型结果为3b亚型。病毒氨基酸序列里含有12个RAS,分别是NS3区域的Y56H、Q80K、Q80R、A156G,NS5A区域的M28G、Q/A30G、Q/A30K、L31F、L31M、Y93H,以及NS5B区域的S282T和V321A,其中位于NS5A区域的Q/A30K和L31M属于高丰度RAS(99.16%和98.37%),其余10个RAS丰度较低(<0.5%)。结论NGS用于HCV 3b亚型的全长序列检测和基因分型,最终鉴定出基线RAS,对于HCV 3b的流行病学研究和DAA治疗方案的制订有重要意义。     

广州地区无偿献血者戊型肝炎病毒感染流行病学调查

目的 调查广州地区无偿献血者的戊型肝炎病毒(hepatitis E virus, HEV)感染情况。方法 2017年4月-2018年4月间收集了5 552名广州血液中心无偿献血者的血液样本,采用酶联免疫吸附法(enzyme linked immunosorbent assay, ELISA)检测抗-HEV IgG抗体(HEV IgG)、抗-HEV IgM抗体(HEV IgM)和HEV抗原(HEV Ag),采用χ²检验分析年龄、性别、民族、职业和ALT等因素分别与HEV IgG和IgM抗体阳性的相关性,采用多因素Logistic回归分析判辨HEV感染的独立风险因素。结果 HEV IgG、IgM和HEV Ag的阳性率分别为20.05%(1 113/5 552)、0.76%(42/5 552)和0.04%(2/5 552)。年龄和民族是HEV IgG和HEV IgM阳性率的独立风险因素:HEV阳性率随着年龄增长而增大(IgG OR=1.089, 95%CI: 1.080-1.098, P<0.001; IgM OR=1.055,95%CI: 1.028-1.084, P<0.001);壮族的HEV IgG和IgM阳性率(32.69%, 7.69%)高于汉族(19.89%, 0.70%),差异有统计学意义(IgG OR=2.052, 95%CI: 1.103-3.819, P=0.023; IgM OR=12.029, 95%CI: 4.067-35.580, P<0.001)。此外,我们还发现职业是HEV IgG阳性率的独立风险因素,学生是阳性率最低的人群。结论 广州地区无偿献血者中HEV抗体阳性率较高,且在不同人群中感染情况不同,为输血传播HEV的风险评估提供基础数据。